Question

我有一个n nifti（.nii）图像的数据集。理想情况下，我希望能够从每个图像中获取相同体素/元素的值，并将函数应用于n个数据点。我想为整个图像中的每个体素/元素执行此操作，以便我可以将结果重新转换回.nii格式。

我已使用Tools for NIfTI and ANALYZE image toolbox加载我的图片：

data(1)=load_nii('C:\file1.nii');
data(2)=load_nii('C:\file2.nii');
...
data(n)=load_nii('C:\filen.nii');

我从中获取一个struct对象，每个子字段包含一个加载的nifti。这些中的每一个都有一个子域'img'，对应于我想要处理的图像数据。问题来自于尝试在每个img字段的数据（1）到数据（n）中选择给定的xyz。正如我发现的那样，不可能以这种方式选择：

data(:).img(x,y,z)

或

data(1:n).img(x,y,z)

因为matlab不支持它。第一个括号的内容必须是调用工作的标量。来自Google搜索的解决方案似乎是一个创建临时变量的循环：

for z = 1:nz
    for x = 1:nx
        for y = 1:ny
            for i=1:n;
                points(i)=data(i).img(x,y,z);
            end
            [p1(x,y,z,:),~,p2(x,y,z)] = fit_data(a,points,b);
        end
end
end

虽然有效，但是对于给定nx，ny，nz（每个数百个）大小的单个图像集需要太长时间（几天）。

我一直在寻找加速代码的解决方案，我认为这取决于通过矢量化去除这些循环，预选img字段（通过getfield？）并连接它们，并应用像arrayfun / cellfun / structfun这样的东西，但我坦率地说，如何做到这一点有点失落。我只能想办法预先选择哪些自己需要循环，这似乎打败了练习的目的（虽然一个循环更少的解决方案，或者至少更少的嵌套循环，可能会这样做），或者对同一个问题感兴趣像数据一样调用（:)。img（x，y，z）不起作用。谷歌再次搜索是如何选择和连接结构中的字段，或跨多个结构的给定字段。但是我找不到任何问题：从结构对象的子结构中的非标量子字段中选择一个元素（使用最少的循环）。最后，我需要输出为矩阵的形式，上面的工具箱可以变成一个nifti。

任何和所有建议，线索，提示和帮助非常感谢！

Answer 1

您可以将图像连接为4D数组，并使用线性索引来加速计算：

img = cat(4,data.img);
p1 = zeros(nx,ny,nz,n);
p2 = zeros(nx,ny,nz);
sz = ny*nx*nz;
for k = 1 : sz 
    points = img(k:sz:end);
    [p1(k:sz:end),~,p2(k)] = fit_data(a,points,b);
end

在MATLAB中从多个结构（nifti）的子场中取出给定元素/体素（x，y，z）的函数（尽可能少的循环）？

1 个答案: