时间依赖的Cox模型

时间:2018-04-20 17:41:08

标签: r cox-regression survival

考虑附加的(虚拟)样本csv文件,其中两种方法(即方法A和方法B)用于评估癌症患者的进展时间(PFS)。对于每位患者,我们也有总生存期(OS)。

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来自here

的CSV格式的数据

我想调查的是,方法A或B的PFS是否能更好地预测患者的总体生存率。

我想到了两个Cox模型,其中包含PFS(方法A或B)作为时间相关的协变量(使用coxph),然后比较两个模型的性能,例如:使用C-index或Brier分数(例如使用pec库)。这种方法合理吗?

不幸的是,我已经很难正确设置所需的数据帧(因为尽管tmerge生成的methodA或B列包含NA值,尽管相关列中的疾病进展与基础数据不对应):

library(survival)

df_test <- read.table(file = "https://www.dropbox.com/s/vqns04vheqt57nk/cox.csv?dl=1", header = TRUE, sep=";")

df_test_methodA<-tmerge(data1=df_test,data2=df_test,id=Patient_ID,
                endpt = event(OS_time, OS_event),
                methodA = tdc(Method_A_PFS_time,Method_A_PFS_event))

  df_test_methodB<-tmerge(data1=df_test,data2=df_test,id=Patient_ID,
                    endpt = event(OS_time, OS_event),
                    methodB = tdc(Method_B_PFS_time,Method_B_PFS_event))

View(df_test_methodA)
View(df_test_methodB)

我们非常感谢您的帮助和意见。谢谢。

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