考虑附加的(虚拟)样本csv文件,其中两种方法(即方法A和方法B)用于评估癌症患者的进展时间(PFS)。对于每位患者,我们也有总生存期(OS)。
来自here
的CSV格式的数据我想调查的是,方法A或B的PFS是否能更好地预测患者的总体生存率。
我想到了两个Cox模型,其中包含PFS(方法A或B)作为时间相关的协变量(使用coxph),然后比较两个模型的性能,例如:使用C-index或Brier分数(例如使用pec库)。这种方法合理吗?
不幸的是,我已经很难正确设置所需的数据帧(因为尽管tmerge生成的methodA或B列包含NA值,尽管相关列中的疾病进展与基础数据不对应):
library(survival)
df_test <- read.table(file = "https://www.dropbox.com/s/vqns04vheqt57nk/cox.csv?dl=1", header = TRUE, sep=";")
df_test_methodA<-tmerge(data1=df_test,data2=df_test,id=Patient_ID,
endpt = event(OS_time, OS_event),
methodA = tdc(Method_A_PFS_time,Method_A_PFS_event))
df_test_methodB<-tmerge(data1=df_test,data2=df_test,id=Patient_ID,
endpt = event(OS_time, OS_event),
methodB = tdc(Method_B_PFS_time,Method_B_PFS_event))
View(df_test_methodA)
View(df_test_methodB)
我们非常感谢您的帮助和意见。谢谢。