将combn输出转换为'dist'类型的矩阵

时间:2018-04-16 09:11:11

标签: r combn pairwise

我有以下格式的数据框:

   dim1  dim2
1 Loc.1 0.325
2 Loc.2 0.325
3 Loc.3 0.321
4 Loc.4 0.256
5 Loc.5 0.255

我想计算'dim2'中两(2)个元素的每个组合的平均值;并将输出转换为矩阵;同时保留'dim1'提供的信息。

现在,我可以使用combn函数获得成对方式:

combn(tab[,2],2, mean)
[1] 0.3250 0.3230 0.2905 0.2900 0.3230 0.2905 0.2900 0.2885 0.2880 0.2555

但是我希望它以类似矩阵的形式显示(实际上它非常类似于'dist'类的对象,因为我希望它可以用于进一步的分析),如下所示:

        Loc.1   Loc.2   Loc.3   Loc.4
Loc.2   0.325           
Loc.3   0.323   0.323       
Loc.4   0.290   0.291   0.289   
Loc.5   0.290   0.290   0.288   0.256

(正如您所看到的,我还需要“Loc.x”信息)

我找不到一个简单的函数,可直接在我的数据框'tab'上计算成对计算。我可以使用for循环,但我觉得应该有更直接的方式。

有什么建议吗?非常感谢你!

3 个答案:

答案 0 :(得分:4)

以下是将矢量转换为距离矩阵的相对简单的方法:

vec <- c(0.3250, 0.3230, 0.2905, 0.2900, 0.3230, 0.2905, 0.2900, 0.2885, 0.2880, 0.2555)

mat <- matrix(nrow = 5, ncol = 5)
mat[lower.tri(mat)] <- vec
mat <- as.dist(mat)

#output
> mat
       1      2      3      4
2 0.3250                     
3 0.3230 0.3230              
4 0.2905 0.2905 0.2885       
5 0.2900 0.2900 0.2880 0.2555

答案 1 :(得分:4)

以下是使用expand.grid代替combn的单行内容。

as.dist(matrix(apply(expand.grid(tab[, 2], tab[, 2]), 1, mean), 5, 5))
#       1      2      3      4
#2 0.3250
#3 0.3230 0.3230
#4 0.2905 0.2905 0.2885
#5 0.2900 0.2900 0.2880 0.2555

这有效的原因是expand.grid考虑了两个列向量tab[, 2]的所有可能组合,而combn错过了对角元素;然后,我们在组合矩阵上逐行操作,计算均值,然后将vector首先转换为matrix,然后转换为dist对象。

答案 2 :(得分:2)

您也可以使用<android.support.design.widget.TabLayout android:id="@+id/tabs" android:layout_width="match_parent" android:layout_height="wrap_content" android:background="@drawable/footer" app:tabIndicatorColor="@color/female_colour"> <android.support.design.widget.TabItem android:id="@+id/tab_home" android:layout_width="@dimen/_25dp" android:layout_height="@dimen/_25dp" android:padding="@dimen/_4dp" android:icon="@drawable/tab_home" /> </android.support.design.widget.TabLayout> 功能。

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