如何将对称矩阵转换为“dist”对象？

Question

我想使用hclust来聚类数据。但我不想使用“dist（）”来生成dist对象。然后我发现我不能将对称矩阵作为距离矩阵传递给hclust。

如何将对称矩阵转换为“dist”对象？

Answer 1

听起来你已经计算了一个矩阵，并希望在hclust中使用它。就像@shadow说的那样，你可以使用as.dist(yourMatrix)转换为dist格式。

给出一个对称的距离表：

> yourMatrix<-matrix(c(1,2,3,4,2,1,2,1,3,2,1,3,4,1,3,1), nrow=4)
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    2    3    4
[2,]    2    1    2    1
[3,]    3    2    1    3
[4,]    4    1    3    1
>
>as.dist(yourMatrix)
  1 2 3
2 2    
3 3 2  
4 4 1 3

确保矩阵中的值不相同，或距离度量而不是相似度得分。

Answer 2

这是你需要的吗？ dist(matrix(1:16, nrow=4))