Question

我的代码如下：

import numpy as np
from math import *
from scipy.optimize import *
import scipy.optimize as opt
from lmfit import Minimizer, Parameters, report_fit
import lmfit as lf

f = open('data.txt','r')
lines=f.readlines()   

n1=[]
n2=[]
n=[]
h=[]
for x in lines:
    x=x.strip() # remove \n before splitting the line
    n1.append(x.split('\t')[0])
    n2.append(x.split('\t')[1])
    n.append(x.split('\t')[2])
    h.append(x.split('\t')[3])
f.close()

n1 = [float(i) for i in n1]
n2 = [float(i) for i in n2]
n = [float(i) for i in n]
h = [float(i) for i in h]
# convert a list into an array
n1 = np.array(n1)
n2 = np.array(n2)
n = np.array(n)
h = np.array(h)

def fith(params,n1,n2,n,h):
    a1 = params['p1']
    b1 = params['p2']
    a2 = params['p3']
    b2 = params['p4']
    model = (a1 + b1*n) * n1 + (a2 + b2*n) * n2
    return model - h

params = Parameters()
params.add('p1',value=1.0)
params.add('p2',value=1.0)
params.add('p3',value=1.0)
params.add('p4',value=1.0)

out = minimize(fith,params,args=(n1,n2,n,h))

print(out)

运行后，我收到如下错误：

＃

追踪（最近一次通话）：文件＆＃34; E：\ new model \ calculate_H_v2.py＆＃34;，第50行，in out =最小化（fith，params，args =（n1，n2，n，h））文件＆＃34; E：\ softwares \ python \ lib \ site-packages \ scipy \ optimize_minimize.py＆＃34;，第481行，最小化 return _minimize_bfgs（fun，x0，args，jac，callback，** options）文件＆＃34; E：\ softwares \ python \ lib \ site-packages \ scipy \ optimize \ optimize.py＆＃34;，第943行，在_minimize_bfgs中 gfk = myfprime（x0）在function_wrapper中的文件＆＃34; E：\ softwares \ python \ lib \ site-packages \ scipy \ optimize \ optimize.py＆＃34;，第292行返回函数（（wrapper_args + args））文件＆＃34; E：\ softwares \ python \ lib \ site-packages \ scipy \ optimize \ optimize.py＆＃34;，第703行，在approx_fprime中 return _approx_fprime_helper（xk，f，epsilon，args = args）文件＆＃34; E：\ softwares \ python \ lib \ site-packages \ scipy \ optimize \ optimize.py＆＃34;，第637行，在_approx_fprime_helper中 f0 = f（（（xk，）+ args））在function_wrapper中的文件＆＃34; E：\ softwares \ python \ lib \ site-packages \ scipy \ optimize \ optimize.py＆＃34;，第292行返回函数（*（wrapper_args + args））文件＆＃34; E：\ new model \ calculate_H_v2.py＆＃34;，第35行，在fith中 a1 =参数[＆＃39; p1＆＃39;] IndexError：只有整数，切片（:），省略号（...），numpy.newaxis（None）和整数或布尔数组才是有效索引

＃

我无法弄清楚为什么在阅读完问题之后我会遇到这种错误。你能救我一下吗？

提前致谢。

荆

Answer 1

我认为基本问题是您使用的是scipy.optimize.minimize()而不是lmfit.minimize()。也就是说，您import *来自scipy.optimize，然后从Minimizer导入lmfit。

即使用from lmfit import minimize, Parameters, report_fit或使用

mini = Minimizer(fith,params,args=(n1,n2,n,h))
out = mini.minimize()

应该让你的脚本使用lmfit.minimize()，它看起来像我应该工作。

这就是为什么import *很痛苦的原因：你很难说出符号的来源。

作为附带注释，您可以使用numpy.loadtxt()来简化数据读取到numpy数组。

在python中使用最小化lmfit时出现混淆错误

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1 个答案: