我使用ape包在R中创建了一个系统发育的NJ树。我的数据包含来自属于已知组的多个人的度量标准。因此，我决定计算这些组之间的马哈拉诺比斯距离，以便在我的分析中加入协方差结构。因此创建nj树不是问题。
require(ape)
lda <- lda(y, as.factor(ynames))
dist <- dist(as.matrix(predict(lda,lda$mean)$x),upper=T,diag=T)
plot(nj(dist))
但是，现在我想为分支拆分计算一些引导值。我使用boot.phylo函数，但在这里我不知道如何处理FUN（函数）命令，因此正确计算了自举数据集的Mahalanobis距离。