Question

我有一个vcf文件，其中包含一个包含Indels和SNP的列（df$INFO），我这样做是为了使用包library(stringr)获取每行的行数：

对于INDEL：

 s <- str_which(df$INFO, "INDEL")

然后length(s)。

对于INFO列的行总数：

 s1 <- str_which(df$INFO, "DP")

所有行都包含DP value，因此我得到总行数。

对于SNP：s2 <- length(s1) - length(s)，我得到的是SNP行数。

INFO列看起来像每个染色体的大量行，并包含如下字符串：

SNP线看起来像：

 DP=17;VDB=2.590081e-02;RPB=-6.851602e-01;SGB=-1.000416e+01;MQ0=0;AF1=0.3381;AC1=2;DP4=12,0,5,0;MQ=34;FQ=6.69;PV4=1,1,0.0017,0.22

INDEL线看起来像：

 INDEL;IDV=73;IMF=0.768421;DP=246;VDB=1.803553e-02;RPB=0.000000e+00;SGB=-6.120835e+00;MQ0=0;AF1=1;AC1=6;DP4=0,0,0,5;MQ=29;FQ=-39.4

有了这些信息，我想要一个更好的方法来获得INDEL和SNP的所有行数（我认为我这样做的方式并不是最好的），然后生成一个包含这两个值的条形图像：

而是xlab的1和2，放置INDEL和SNP

任何帮助都将不胜感激。