双因素条形图

Question

使用以下数据框：

    > foo
        species density day percent  
    1  species1    high   1    0.40  
    2  species1     low   1    0.20  
    3  species1  medium   1    0.40  
    4  species2    high   1    0.35  
    5  species2     low   1    0.10  
    6  species2  medium   1    0.55  
    7  species3    high   1    0.35  
    8  species3     low   1    0.20  
    9  species3  medium   1    0.45  
    10 species4    high   1    0.30  
    11 species4     low   1    0.20  
    12 species4  medium   1    0.50  
    13 species1    high 100    0.50  
    14 species1     low 100    0.40  
    15 species1  medium 100    0.10  
    16 species2    high 100    0.40  
    17 species2     low 100    0.05  
    18 species2  medium 100    0.55  
    19 species3    high 100    0.65  
    20 species3     low 100    0.05  
    21 species3  medium 100    0.30  
    22 species4    high 100    0.40  
    23 species4     low 100    0.20  
    24 species4  medium 100    0.40  

我创建了以下刻面条形图：

require(ggplot2)

foo$density<-factor(foo$density,levels=c('low','medium','high'))

d <- ggplot(foo, aes(x=species, y=percent, fill=density)) +
    geom_bar(aes(width=.65), stat="identity") +
    facet_grid(. ~ day)

但是，我想合并这些图形以创建单个双因素条形图。在x轴上，每天-1和100-将按物种分组。关于如何创建这个的任何建议？

非常感谢！

Answer 1

试试这个

foo$species_day <- with(data = foo, expr = paste(species, day))
d <-ggplot(foo, aes(x=species_day, y=percent, fill=density)) +
      geom_bar(aes(width=.65), stat="identity")

如果需要，您可以重新排列级别。

Answer 2

这是另一种将@Joran的建议与您的要求结合在一起的方法。

我已将day更改为某个因子，但也将默认的x轴标签更改为“Species”。此外，由于density显然是一个连续因素，我使用了Color Brewer（http://colorbrewer2.org/）的连续色标。您可以通过更改palette数字或按名称scale_fill_brewer(palette="GnBu")调用调色板来体验色阶。在Color Brewer网页上找到调色板名称。

foo <- read.table(header=TRUE,
                 text="species  density day percent  
                    1  species1    high   1    0.40  
                    2  species1     low   1    0.20  
                    3  species1  medium   1    0.40  
                    4  species2    high   1    0.35  
                    5  species2     low   1    0.10  
                    6  species2  medium   1    0.55  
                    7  species3    high   1    0.35  
                    8  species3     low   1    0.20  
                    9  species3  medium   1    0.45  
                    10 species4    high   1    0.30  
                    11 species4     low   1    0.20  
                    12 species4  medium   1    0.50  
                    13 species1    high 100    0.50  
                    14 species1     low 100    0.40  
                    15 species1  medium 100    0.10  
                    16 species2    high 100    0.40  
                    17 species2     low 100    0.05  
                    18 species2  medium 100    0.55  
                    19 species3    high 100    0.65  
                    20 species3     low 100    0.05  
                    21 species3  medium 100    0.30  
                    22 species4    high 100    0.40  
                    23 species4     low 100    0.20  
                    24 species4  medium 100    0.40")

foo$density <- factor(foo$density, levels=c("low", "medium", "high"))
foo$day <- factor(paste("Day", foo$day, sep="_"))

library(ggplot2)

d2 <- ggplot(foo, aes(x=day, y=percent, fill=density)) +
      theme_bw() +
      geom_bar(width=0.95, stat="identity") +
      scale_fill_brewer(type="seq", palette=15) +
      xlab("Species") +
      opts(axis.text.x=theme_text(size=6)) +
      facet_grid(. ~ species)

ggsave("barplot_1.png", d2, width=6, height=4)

我还没有解决的一个问题是density的级别没有以正确的顺序堆叠（对我来说或在@ MYaseen208的答案中）。堆叠在原始帖子中是正确的。有谁知道问题是什么？