在过去的两个月里,我一直试图找出为什么我不能在我们的HPC上提交工作(使用QSUB),最近,我发现我的主目录是
$/export/home/wrfuser
while my other co-workers are
$/home/wrfuser1
*note /export
我可以提交作业,但从未显示结果。这是我的示例hello.qsub:
#!/bin/bash --login
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=00:01:00,nodes=1,ppn=1,mem=50mb
export WORKDIR=/mnt/NFS003/WRF/WRF_hist/qsub_test
cd ${WORKDIR}
echo "HELLO WORLD"
[wrfuser@HPC qsub_test]$ vi hello.qsub
[wrfuser@HPC qsub_test]$ qsub hello.qsub
您的工作7618(" hello.qsub")已提交
[wrfuser @ HPC qsub_test] $ qstat
7617 0.55500 hello.qsub wrfuser Eqw 04/06/2018 10:21:35 1 7618 0.55500 hello.qsub wrfuser Eqw 04/06/2018 10:35:15 1
[wrfuser @ HPC qsub_test] $
如果无法在/ export / home上执行此操作,是否还有其他方法可以在HPC上提交作业?
答案 0 :(得分:1)
我解决了!!!我将qsub脚本更改为
#!/bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -S /bin/bash
#$ -pe orte 64
echo "HELLO JOHN"
mkdir Hello_world
[wrfuser@CADHPC01 run]$
我在之前的脚本中使用了节点数,ppn和内存,现在我将其更改为核心数#$ -pe orte 64
。但是,我并非100%确定这是该错误的主要原因。
我是stackoverflow中的新手,感觉我会在这里以指数方式学习和享受!谢谢! :d