我正在处理来自FireBrowse的LUAD数据并使用RNASeqV2 RSEM归一化基因表达数据。我想找出第一阶段和第四阶段的肿瘤样本之间的DEG。但我不能在第一阶段和第四阶段之间得到任何DEG，但我希望不会在这两个阶段的肿瘤样本之间没有DEG。 我试图在第一阶段和第二阶段或阶段I和第三阶段之间找到DEG，然后在阶段内制作小组，但仍然没有运气。
我在Bioconductor支持小组中询问了有关此主题的问题，我已发布完整的R代码，以找到第一阶段和第四阶段之间的DEG，link to my question at bioconductor）
我的问题是， 1）对这种RNAseq V2 RSEM数据进行哪些预处理以将其用于差异基因表达分析？
2）如何从基因表达数据中提取I期和IV期的样本？
我期待听到您的所有建议和答案。 您的建议会让我了解我在此分析中出错的地方。