使用PyMol，我可以使用Action显示氢键 - ＆gt;查找 - ＆gt;极地接触。这产生了接触，但我想通过仅显示具有这些接触的残基而没有别的来显示它们（目前，由于蛋白质的其余部分，视图非常不清楚）。
我想选择所有具有我发现的氢键的残基。我怎样才能做到这一点？
或者，什么是显示口袋中两个链之间氢键的好方法，以便它们清晰可见？
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通过将这些接触定义为新选择，您可以在配体或分子的一部分周围找到接触。请阅读此处的选择（https://pymolwiki.org/index.php/Select）或用鼠标选择，然后转到（选择）并重命名。使用名称 myligand 。然后，在命令行中，您可以搜索距离为3.5Å的联系人，并将此选项命名为联系人：
select contacts, myligand around 3.5
请注意，我选择3.5Å，假设您有一个PDB文件，其中氢原子由于低分辨率而未被映射。 当然，你会在这个距离内获得所有接触而不仅仅是氢键，因此你需要在 myligand 之内创建一个选择，之后只包含你可能参与的原子在H-bonds。
在下一步中，您将使用 byres 创建包含联系人的全部残留的新选择 contactsfull ：
select contactsfull, byres contacts
现在，您可以独立地设计 contactsfull 和您的蛋白质。为了显示H键，我将使用Find - ＆gt;极地接触，它创造了另一种选择，只有你可以随意设计的H型键。