Question

我想使用snakemake来QC fastq文件，但它表明： WorkflowError：

目标规则可能不包含通配符。请指定具体文件或没有通配符的规则。

我写的代码就像这样

SAMPLE = ["A","B","C"]

rule trimmomatic:
    input:
        "/data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "/data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

我是新手，如果有人知道，请告诉我。非常感谢！

Answer 1

您可以执行以下操作之一，但您可能希望执行后一种操作。

通过命令行显式指定输出文件名：
```
snakemake  data/samples/A.clean.fastq
```
这会运行规则来创建文件data/samples/A.clean.fastq

使用rule all指定要在Snakefile中创建的目标输出文件。 See here了解有关通过rule all

添加目标的详情

SAMPLE_NAMES = ["A","B", "C"]

rule all:
    input:
        expand("data/samples/{sample}.clean.fastq", sample=SAMPLE_NAMES)

rule trimmomatic:
    input:
        "data/samples/{sample}.fastq"
    output:
        "data/samples/{sample}.clean.fastq"
    shell:
        "trimmomatic SE -threads 5 -phred33 -trimlog trim.log {input} {output} LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:16"

带有通配符的WorkflowError

1 个答案: