Question

以下是我尝试的代码

aaxab.res=NULL

chiaaxab <- for (i in 1:length(gt)) {
               observed <- c(aa.count[i], ab.count[i])
               expected <- c(0.5, 0.5)
               chisq.test(observed, p=c(0.5, 0.5))$p.value
               p.value <- ifelse(is.na(T.value ))
               aaxab.res <- c(abxaa.res, p.value)
            }

但我一直收到错误：

Error in chisq.test(observed, p = c(0.5, 0.5)) :
  at least one entry of 'x' must be positive.

有人可以帮助纠正这个问题，因为我是R的新手

Answer 1

我认为您的意思是比较预期与观察到的情况，在这种情况下您的代码应该是：

               ...
               chisq.test(observed, expected, p=c(0.5, 0.5))$p.value
               ...

当您的观察值均为零时，您将收到该错误。例如：

observed <- c(0, 0)
chisq.test(observed, p=c(0.5, 0.5))

chisq.test中的错误（观察到，p = c（0.5,0.5））：至少有一个'x'条目必须为正

如果您的数据集有零（有时是正常的），并且您希望循环继续而不抛出错误，则可以添加条件语句来检查零：

chiaaxab <- for (i in 1:length(gt)) {
  observed <- c(aa.count[i], ab.count[i])
  expected <- c(0.5, 0.5)
  if (aa.count[i] == 0 & ab.count[i] == 0) {
    aaxab.res <- c(abxaa.res, NA)
  } else {
    chisq.test(observed, p=c(0.5, 0.5))$p.value
    p.value <- ifelse(is.na(T.value))
    aaxab.res <- c(abxaa.res, p.value) 
    }
}

如果检测到两个零，上面的代码将添加NA。

也不确定你要用这一行完成什么：p.value <- ifelse(is.na(T.value))。语法为：ifelse(test, yes, no)

循环中的卡方检验用于检查基因型的p值

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