Question

当我在使用cython编译的模块中使用任何 import语句时，我在导入模块时收到以下错误（请参阅下面的完整代码）：

ImportError: /.../hw.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: __intel_sse2_strchr

在我自己的计算机上一切正常，但在尝试重新编译并在外部高性能计算机上运行脚本时出现此错误。

谷歌搜索我看到在几个地方弹出类似的错误，但在这些讨论中问题是与自己的代码中的错误有关，而不是导入的模块（例如Undefined symbol error importing Cython module）或建筑物出错cython或编译时间（例如Can cython be compiled with icc?）。我不知道如何将这些应用到我的案例中。

通过阅读其他讨论，我怀疑问题出在我的setup.py的制定中，但我真的不太了解 - 在我自己的系统上，标准的例子很简单。我尝试将numpy添加到设置中（请参阅下面的setup2.py），但这并没有解决问题 - 我在import hw上收到了同样的错误。

完整示例

hw.pyx：

import numpy  # without this line, the example works fine 

cpdef testfun():
    print("Hello world!")

setup.py：

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

setup(
    ext_modules = cythonize('hw.pyx'),
)

setup2.py：

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
import numpy as np

setup(
    ext_modules = cythonize('hw.pyx'),
    include_dirs = [np.get_include()]  # -> including this doesn't make a difference
)

系统信息

外部系统运行python 3.5.2。我在virtualenv中运行我的代码，我有Cython 0.28.1。我尝试了numpy 1.13.0和1.14.2。对于此示例中的virtuel环境，我没有安装任何其他软件包（可能与我的问题无关，但pip freeze也列出了UNKNOWN==0.0.0）

[重要编辑]

我收到了numpy的错误（因为我之前遇到了cdef np.ndarray我认为这是问题） - 但实际上是任何导入语句导致错误 - numpy恰好是第一个导入的模块。仍然不知道如何解决这个问题。

Answer 1

问题是我使用英特尔编译器而没有运行英特尔Python发行版，或以其他方式提供英特尔运行时库。

感谢@ead，我通过使用以下方式切换到GCC来解决问题：

CC=gcc python setup.py build_ext --inplace

导入cython文件中的任何模块会产生未定义的符号错误

1 个答案: