导入Cython模块的未定义符号错误

时间:2012-10-23 08:40:59

标签: python cython distutils undefined-reference

我希望将我的一个c ++类作为Python模块提供。该类在标头Foo.h中声明,并在.cpp Foo.cpp中实现。 (g ++ - 4.5,Ubuntu x86_64)。这是一个非常简单的课程:

Foo.cpp

Foo::Foo() : alfa(1.0), beta(1)
{

}

Foo::~Foo()
{
}

Foo.h

 class Foo
 {
 public:

  Foo()
  Foo(const Foo& orig);
  ~Foo();
  double alfa;
  int beta; 
 };

我创建了一个setup.py,如Cython教程中所示:

setup.py

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

setup(
  name = 'MyDemo',
  ext_modules=[
    Extension("Foo"
          sources=["Foo.pyx"], 
          include_dirs=[".","../eigen/"],
          language="c++"),
    ],
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
)

并按照cython教程的指示编写我的Foo.pyx cython模块:

Foo.pyx

cdef extern from "Foo.h":
    ctypedef struct c_Foo "Foo":
        double alfa
    c_Foo *new_Foo "new Foo" ()
    void del_Foo "delete" (c_Foo *myfoo)

cdef class Foo:
    cdef c_Foo *thisptr      # hold a C++ instance which we're wrapping
    def __cinit__(self):
         self.thisptr = new_Foo()
    def __dealloc__(self):
         del_Foo(self.thisptr)

我使用以下命令编译它: python setup.py build_ext --inplace

running build_ext
skipping 'Foo.cpp' Cython extension (up-to-date)
building 'Foo extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I. -I../eigen/ -I/usr/include/python2.6 -c Foo.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.6/Foo.o
cc1plus: warning: command line option "-Wstrict-prototypes" is valid for Ada/C/ObjC but not for C++
g++ -pthread -shared -Wl,-O1 -Wl,-Bsymbolic-functions build/temp.linux-x86_64-2.6/Foo.o -o /home/linello/prova/Foo.so

现在创建了Foo.so共享库对象,但是当我想从python导入它时,我得到:

 >>> import Foo
      Traceback (most recent call last):
      File "<stdin>", line 1, in <module>
      ImportError: ./Foo.so: undefined symbol: _ZN4FooD1Ev
>>> 

我认为 _ZN4FooD1Ev Foo构造函数的错位名称,但不明白该符号是如何丢失的。

我真的无法理解共享对象文件中缺少什么符号。 作为第二点,在python setup.py build_ext --inplace命令之后,我的Foo.cpp文件搞砸了并包含了cythonized版本。

如何以其他格式重命名cythonized文件(例如.cxx)并避免链接器错误?

然后,我修改了Foo.pyx中的pFoo.pyx并因此修改了setup.py,现在在安装命令之后我在pFoo.pyx中拥有Foo.cxx的cythonized版本但是当我尝试导入时,我得到了

ImportError: dynamic module does not define init function (initpyFoo)

我的设置有什么问题以及如何解决我的问题?

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

我建议您为cython模块使用不同的名称,例如cFoo,以避免名称冲突问题:

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

setup(ext_modules = cythonize(
           "cFoo.pyx",                 # our Cython source
           sources=["Foo.cpp"],        # additional source file(s)
           language="c++",             # generate C++ code
      ))

要定义C ++类,请使用'cppclass'关键字,如下所示:

cdef extern from "Foo.h":
    cdef cppclass Foo:
        Foo()
        double alfa
        int beta

然后您应该能够像这样访问您的课程:

cdef Foo *foo = new Foo()
foo.beta = 42