VinfRNA包中的RNAfold时间复杂度

Question

任何人都可以告诉我RNAfold包中的VinnaRNA算法的复杂程度。 https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/

这个Algo。存在于ViennaRNA-2.4.4\ViennaRNA-2.4.4\src\bin中。 帮助我。

Answer 1

您提供的链接中有经验运行时分析。您可以在日志/日志图上看到线性计算时间。

这意味着您可以编写（使用log作为基数10的对数并调用T算法的时间复杂度）

   log(T(10^n)) = a.n + b                          for a and b to be read from the graph
=> T(10^n) = 10^(a.n + b) = C.10^(a.n)             with C constant
=> T(n) = T(10^(log(n)) = C.10^(a.log(n)) = C.n^a

现在，阅读图表，你可以看到

• T(length of RNA sequence = 1000) ~= 10^0 = 1
• T(10000) ~= 10^2.6

这会给你一个a ~= 2.6的近似值 如果您想要保守，可以将a与3绑定，这会导致复杂性

T(n) = O(n^3)

其中n是核苷酸中RNA序列的长度。