未显示R igraph输出顶点

Question

我正在使用R igraph包来显示基因网络。 Rstudio上的情节是这样的（我无法发布图片，因为我是新用户并且没有足够的声誉，对此感到抱歉）：

R igraph on preview

现在我想在文件上绘制这个以清楚地看到这些变化，并且在边缘附近的顶点上始终存在问题，如下所示：

part of output pdf file

我的代码如下：

pdf("graph.pdf",width = 20, height = 10)

par(mar = c(9,9,9,9))

plot(finalnet, edge.arrow.size=0.1, edge.curved=FALSE,vertex.size= 3, margin = -0.5)

dev.off()

更新：我尝试了方形布局并且问题仍然存在，这是我的绘图对象和方形图。 square plot

rda file for my igraph object

有人能给我一个如何解决这个问题的建议吗？整个网是大约170个顶点，但我不知道为什么它不能很好地显示在输出文件上。我在mai尝试了不同的情节选项，但这似乎失败了。

Answer 1

您为正方形对象指定了矩形大小。尝试方形尺寸，如

pdf("graph.pdf")

这将使用默认值，即方形。

但是，很难确定，因为你还没有给我们解决问题的对象。

Answer 2

您获得此行为的原因是您在绘图调用中指定了margin。 margin=-0.5告诉R将图表扩展到超过图形设备尺寸0.5个单位，下面是三个例子：

您的原始绘图电话，请注意剪辑

pdf("withMargin.pdf")
par(mar=c(9,9,9,9))
plot(g, margin=-0.5)
dev.off()

如果没有调用par，问题仍然存在，但现在您使用了图形设备的整个维度。

png("withoutPar_Margin.png")
#par(mar=c(9,9,9,9))
plot(g, margin=-0.5)
dev.off()

最后，移除margin

中的plot

png("withoutplotMargin.png")
par(mar=c(9,9,9,9))
plot(g)
dev.off()