使用4×4变换矩阵

Question

如何将4 * 4转换矩阵M应用于一组PDB坐标以获得传播结构？

在将变换矩阵M连续应用于起始PDB坐标时，我没有得到传播结构。但是在应用第二次连续变换后返回起始坐标;为M^2=I。请在下面找到矩阵。

-8.055069e-01   1.664229e-01   5.687372e-01   6.593901e+01 
 2.020147e-01   9.793824e-01  -4.700835e-04  -1.096723e+01 
-5.570895e-01   1.145146e-01  -8.225191e-01  -3.810996e+00 
 0.000000e+00   0.000000e+00   0.000000e+00   1.000000e+00 

我首先沿着三个欧拉角进行旋转（用除了第4行和第3列之外的3×3矩阵表示），然后沿xyz轴应用平移（分别对第4列的前三个条目）。

附着[1]受体（初始坐标）和配体（第一次转化后）数据集。此外，它们都代表具有相同3D构象的相同肽，只有它们在3D空间中的取向不同。

我想在配合物中添加下一个单体（配体后），使受体 - 配体对接模式进一步传播，如本文所示。根据目前的对接观察，它很可能形成一个环形结构。

有没有办法逃避当前的情况，我回到起始坐标而不是传播结构？请检查文本，图像（所需的结构传播模式的描述）[2]和下面给出的链接：

  

然后我们连续地将每个二聚体对接到质心的另外副本（一次一个），具有对接旋转和平移参数，如在Hex程序选择的初始对接复合物配置中所使用的，以扩展二聚体。该程序使用三维（3D）转换矩阵，这些矩阵是为每个起始二聚体预先计算的。

https://content.iospress.com/download/journal-of-alzheimers-disease/jad131589?id=journal-of-alzheimers-disease%2Fjad131589