如何从mixOmics CIM中提取相关分数？

Question

我想提取我称之为＆＃34;相关分数＆＃34;用于填充CIM图中的Color Key图例（R中的mixOmics包）将其放入向量中。我的意思是通过相关分数在＆＃34;颜色键＆＃34;中使用的相应数量的不同颜色。传说，也就是说例如＆＃34; -7＆＃34;对应深蓝色和＆＃34; + 7＆＃34;对应红色。必须有一个我将提取的相应数字的矩阵。 Here is an example of CIM plot to illustrate。示例图来自mixOmics CIM教程here。

我为几个时间点绘制了几个CIM，并希望绘制该分数随时间的变化（在特定的X与特定的Y之间）。

我查看了cim函数使用的函数的结果（在我的情况下spls），但没有找到这些数字。我还检查了cim函数本身（cim function code），但无法找到用于填充此图的内容。

Answer 1

它不是作为cim生成的对象的组件提供给您的。您可以使用与cim的来源相同的方法自行计算相关系数，即cor(as.matrix(<the object you passed to cim>), method = "pearson")

如果您想在源代码中找到他们计算的位置，只需搜索＆＃34; pearson＆＃34;在the source code you linked to。