在R中添加错误条到ggplot2 Boxplot？

Question

alphastats<-summarySE(map, measurevar="shannon", groupvars=c("age_class"))

 age_class      N  shannon        sd         se        ci
1   Non_Smoker 66 5.473424 0.4152997 0.05111986 0.1020934
2   Old_Smoker 47 5.271223 0.6046414 0.08819601 0.1775294
3 Young_Smoker 17 5.324977 0.8682071 0.21057116 0.4463909

嗨，所以我正在尝试将错误条添加到R中的ggplot2箱图。我有上面的数据框，为我的三个组中的每个组创建了必要的标准错误数据。

ggplot() + 
geom_boxplot(data=map, aes(x=age_class, y=shannon, fill=age_class), na.rm= TRUE ) + 
theme_bw() + 
geom_jitter(data=map, aes(x=age_class, y=shannon), position=position_jitter(width=0.1)) + 
labs(x="Group", y="Shannon Value") + 
guides(fill=guide_legend(title="Group Type")) + 
annotate("text", x=0.75, y=3.5, size=3, label=paste0("p-value =",alpha_p_round)) + 
geom_errorbar(data=alphastats, aes(ymin=shannon-se, ymax=shannon+se))

当我尝试通过gg_errorbar（）添加错误栏时，我收到错误：

  

“eval中的错误（expr，envir，enclos）：找不到对象'x'

     

另外：警告信息：

     

1：以min（x，na.rm = na.rm）：

     

min没有非缺失的参数;返回Inf

     

2：在max（x，na.rm = na.rm）：

     

max没有非缺失的参数;返回-Inf

     

3：在min（diff（sort（x）））：min没有非缺失参数;返回

     

Inf文件

有人能帮我弄清楚我做错了吗？

Answer 1

您的示例不可重现，但根据您提供的示例数据，以下工作：

alphastats <- read.table(
    text = " age_class      N  shannon        sd         se        ci
1   Non_Smoker 66 5.473424 0.4152997 0.05111986 0.1020934
2   Old_Smoker 47 5.271223 0.6046414 0.08819601 0.1775294
3 Young_Smoker 17 5.324977 0.8682071 0.21057116 0.4463909", header = T)

library(ggplot2);
ggplot(alphastats, aes(x = age_class, y = shannon)) +
    geom_point() + 
    theme_bw() +
    labs(x = "Group", y = "Shannon Value") +
    guides(fill=guide_legend(title = "Group Type")) +
    geom_errorbar(aes(ymin = shannon - se, ymax = shannon + se))

Answer 2

您尚未在x=age_class中提供geom_errorbar，因此geom_errorbar并不知道错误栏的x坐标。如果您将x=age_class添加到geom_errorbar，则代码将有效。

您还可以稍微缩短代码。由于geom_errorbar使用与其他两个geom相同的x和y变量，因此另一个选项是ggplot(map, aes(x=age_class, y=shannon)) + ...。这意味着除非另有说明，否则所有geoms将分别使用map数据框以及age_class和shannon列用于x和y。

然后，在geom_errorbar中，您只需要为其提供新数据框以及ymin和ymax美学。但是，除非您希望x使用与主y调用中使用的列不同的列，否则您不需要提供geom_errorbar或ggplot美学。

所以代码是：

ggplot(map, aes(x=age_class, y=shannon)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=age_class)) + 
  geom_jitter(width=0.1) +   # geom_jitter takes a direct width argument. You can use the `position` argument, but it's not necessary.
  geom_errorbar(data=alphastats, aes(ymin=shannon-se, ymax=shannon+se)) +
  labs(x="Group", y="Shannon Value", fill="Group Type") +  # Note that the fill label has been moved to labs
  annotate("text", x=0.75, y=3.5, size=3, label=paste0("p-value =", alpha_p_round)) +
  theme_bw()

您确定要geom_jitter吗？如果您希望shannon的平均值与错误栏重合，请使用geom_point。如果您希望它们都移动相同的数量，请使用position_nudge。