Question

我想处理一些DICOM文件，因此我正在测试pydicom我的工作，我认为这非常有用。

现在我想加载现有的DICOM文件，用另一个像素阵列替换像素数据阵列（例如预处理或字面上的另一个DICOM像素阵列），最重要的是，我想用任何DICOM查看器应用程序再次处理它。 / p>

对于此测试，我使用了以下教程代码。此代码加载测试数据文件。图像大小为64 * 64。下面的代码从原始数据中进行二次采样。之后，图像的大小为8 * 8，结果保存到＆＃34; after.dcm＆＃34;。

但是当我使用DICOM查看器应用程序（我使用＆＃39; Dicompass＆＃39;）读取文件时，dicom图像的大小仍为64 * 64。我错过了什么？

我提到pydicom文档（http://pydicom.readthedocs.io/en/stable/getting_started.html，https://pydicom.github.io/pydicom/stable/index.html）来解决我的问题。

# authors : Guillaume Lemaitre <g.lemaitre58@gmail.com>
# license : MIT

import pydicom
from pydicom.data import get_testdata_files

print(__doc__)

# FIXME: add a full-sized MR image in the testing data
filename = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

# get the pixel information into a numpy array
data = ds.pixel_array
print(data)

print('The image has {} x {} voxels'.format(data.shape[0],
                                        data.shape[1]))
data_downsampling = data[::8, ::8]
print('The downsampled image has {} x {} voxels'.format(
    data_downsampling.shape[0], data_downsampling.shape[1]))

# copy the data back to the original data set
ds.PixelData = data_downsampling.tostring()
# update the information regarding the shape of the data array
ds.Rows, ds.Columns = data_downsampling.shape

# print the image information given in the dataset
print('The information of the data set after downsampling: \n')
print(ds)
print(ds.pixel_array)
print(len(ds.PixelData))
ds.save_as("after.dcm")

Answer 1

代码看起来不错。但是，您没有覆盖原始文件。

使用以下命令加载文件：

<input type="text" value="hello" />
<input id="txtReset" type="text" value="world" />

其中原始文件名为“MR_small.dcm”。

然后使用以下命令保存文件：

filename = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

目标文件名不同。这意味着，原始文件仍然没有改变。

您应该在DICOM查看器中加载“after.dcm”以进行测试

OR

您应该在保存文件时覆盖该文件（ds.save_as("after.dcm")）。

不是问题的一部分，但如果您要创建像素数据更改的原始图像副本，建议您还修改数据集中的实例特定信息，如InstanceNumber（0020,0013），SOPInstanceUID（0008,0018））等等。

如何使用pydicom替换同一dicom文件中的像素数据，以便使用任何dicom查看器再次读取它？

1 个答案: