Question

我使用bigmemory包来处理大小为8000 x 8000的矩阵。

大矩阵的row（）和col（）相当于什么？

当我尝试使用上述两个函数来访问big.matrix对象时，我收到以下错误。

＆＃34;行（phi）出错：需要类似矩阵的对象作为＆＃39; row＆＃39;＆＃39;

的参数

以下是我的代码段。

＆＃13;

k <- big.matrix(nrow = 8000, ncol = 8000, type = 'double', init = 0)
k <- ifelse(row(k) < col(k), 0, (row(k)-col(k))^5 + 2)

＆＃13;

Answer 1

所以，有了Rcpp，你可以这样做：

// [[Rcpp::depends(BH, bigmemory)]]
#include <bigmemory/MatrixAccessor.hpp>
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
void fillBM(SEXP pBigMat) {

  XPtr<BigMatrix> xpMat(pBigMat);
  MatrixAccessor<double> macc(*xpMat);

  int n = macc.nrow();
  int m = macc.ncol();

  for (int j = 0; j < m; j++) {
    for (int i = j; i < n; i++) {
      macc[j][i] = pow(i - j, 5) + 2;
    }
  }
}

/*** R
library(bigmemory)
k <- big.matrix(nrow = 8000, ncol = 8000, type = 'double', init = 0)
k.mat <- k[]

system.time(
  fillBM(k@address)
)
k[1:5, 1:5]

system.time(
  k.mat <- ifelse(row(k.mat) < col(k.mat), 0, (row(k.mat)-col(k.mat))^5 + 2)
)
k.mat[1:5, 1:5]
all.equal(k.mat, k[])
*/

Rcpp功能需要2秒，而R版本（在标准R矩阵上）需要10秒（以及更多内存）。

相当于R中big.matrix的row（）和col（）

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