在Pheatmap中编辑行和列名称

Question

我想在pheatmap中编辑行和列名称，或者最终删除并添加要编辑的新行和列名称。在这种情况下，我会将show_colnames和show_rownames设置为FALSE。

library("pheatmap")
pheatmap(scale(dat), show_colnames = T, show_rownames = T,legend = TRUE,
             cluster_rows=F, cluster_cols=F, border_color = "grey60")

有人可以帮助我。

Answer 1

您可以使用labels_row和labels_col参数。

> set.seed(1)
> mat <- matrix(rnorm(100), 10, 10, dimnames=list(letters[1:10], letters[11:20]))
> pheatmap(mat)

> pheatmap(mat, labels_row=paste0("foo", 1:10), labels_col=paste0("bar", 1:10))

或者，您可以修改传递给rownames函数的矩阵的colnames / pheatmap。

library(magrittr)

mat %>%
    set_rownames(paste0("foo", 1:10)) %>%
    set_colnames(paste0("bar", 1:10)) %>%
    pheatmap()