从R Markdown运行ssh命令(bash)

时间:2018-02-05 14:09:33

标签: r ssh r-markdown

我正在使用R Markdown处理自动报告,该报告显示了我从Redshift查询数据的保留配置文件图。由于我需要ssh到我的连接,我想我在我的markdown脚本中将我的ssh命令添加为bash命令。我检查以确保简单的命令工作(例如,cd,mkdir),这一切都工作正常但似乎卡在ssh命令上。

是否有人知道这是否因为ssh命令或R markdown / knitr不起作用(如果我将ssh代码粘贴到终端中,它可以正常工作)。当我输入ssh时它可以识别ssh命令,但是当我指定端口/端点时它会卡住。我担心如果不共享我的ssh规范,我就无法分享可重现的例子。

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title: "example script"
author: "Tim Faber"
date: "1/29/2018"
output: html_document
runtime: shiny
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Create ssh tunnel


```{r, engine='bash'}

ssh -N -L portid:datasource:portid ubuntu@..

```

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

抱歉,我认为我的答案基本上不完整,但我希望它可以提供帮助 正如您所说,我无法实现创建SSH隧道。我认为bash块不是持久的,所以我想知道如何创建这样的连接。
但是,我成功发送了远程命令:

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title: "Untitled"
output: html_document
runtime: shiny
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```{bash}
ssh user@xxx.yyy.zz.kk 'cd Documents;ls -l;'
```

我自己不使用Redshift,而且我不知道你是否可以使用ssh远程命令完成任务。