Question

我正在尝试从命令行终端运行Rmarkdown文件（myfile.Rmd）。这个文件需要一个参数来工作。我们可以使用这个简单的文件作为例子：

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title: "Simple example"
output:
  pdf_document: default
---

```{r read_arg, include=FALSE}
args = commandArgs(TRUE)
VAR = args[1]
```

```{r show_var}
VAR
```

首先，是否可以通过读取Rscripts的参数来运行Rmarkdown文件？我的意思是，不是通过阅读this问题中描述的输入文件。

如果是这样，怎么办呢？我希望用于运行Rmarkdown文件的here工作对我有用，但它并不是因为这个论点。我正试图运行类似的东西：

Rscript -e "rmarkdown::render('myfile.Rmd myarg')"

编辑：但它会出现以下错误：

工具中出错:: file_path_as_absolute（输入）：文件'myfile.Rmd_myarg'不存在电话： - ＆gt; setwd - ＆gt; dirname - ＆gt; Además：警告信息： 1：在normalizePath（path，winslash = winslash，mustWork = mustWork）中： path [1] =“myfile.Rmd myarg”：没有existe el fichero o el directorio 2：在normalizePath（path，winslash = winslash，mustWork = mustWork）中： path [1] =“myfile.Rmd_myarg”：没有exic el fichero o el directorio Ejecucióninterrumpida

有什么想法吗？谢谢！

Answer 1

添加myarg对象作为参数是可行的方法：

Rscript -e "rmarkdown::render('example.Rmd',params=list(args = myarg))

然后将参数添加到Rmd文件中：

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title: "Simple example"
output:
  pdf_document: default
params:
  arg: myarg
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有关参数化报告的文档：https://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html

在命令行上使用参数运行RMarkdown

1 个答案: