从批处理运行R Markdown时出现Knitr错误

时间:2018-02-05 13:14:35

标签: r batch-file knitr r-markdown

我正在关注此SO answer来创建一个运行R脚本的批处理文件,该脚本又运行Markdown文件。

简而言之。测试版有三个部分。

我。 R脚本 - 编织并呈现降价:

.supporting

II。 R Markdown文件

library(knitr)
library(rmarkdown)
setwd("~/r_directory")

knit("test_markdown.Rmd")
render("test_markdown.Rmd")

Sys.sleep(3)

III。批处理文件:

---
title: "Test"
output: html_document
---

## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

```{r cars}
summary(cars)
```

现在我在script.Rout文件中遇到两种类型的错误。

使用正确的R.Script版本,我得到的错误是:

"C:\Program Files\R\R-3.4.3\bin\R.exe" CMD BATCH --vanilla --slave "C:\Users\Stefan\Documents\r_directory\script.R" "C:\Users\Stefan\Documents\r_directory\script.Rout"

所以,好的。显然我应该安装knitr。

但当我将脚本更改为include - install.packages(&#34; knitr&#34;)时,我得到:

Error in library(knitr) : there is no package called 'knitr'
Execution halted

知道我错过了什么吗?

编辑:我为knitr包提供了多个repos。

Installing package into 'C:/Users/Stefan/Documents/R/win-library/3.4'
(as 'lib' is unspecified)
Error in contrib.url(repos, "source") : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: install.packages -> contrib.url
Execution halted

我现在得到的错误是:

install.packages('knitr', repos = c('http://cran.rstudio.org', 'http://cran.us.r-project.org', 'http://rforge.net'),
                 type = 'source')

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