从终端运行渲染时加载包时出错:调用:<anonymous> ... withCallingHandlers-> withVisible-> eval-> eval->库

时间:2019-01-11 18:54:37

标签: r ggplot2 r-markdown knitr

我正在尝试从命令行编织/渲染Rmd文档。当我在rstudio中进行编织时,它可以工作,但是当我在命令行中运行时,加载ggplot会出现问题。

我尝试了其他软件包,它们加载正常。我已经安装并卸载了ggplot2,没有任何更改。

这是命令:

Rscript -e 'rmarkdown::render(input="troubleshootRMD.Rmd", output_file="testrmdout.html")'

这是Rmd文档:

    intro text

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r echo=FALSE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
print("I am a test")
```

这是错误消息:

库(ggplot2)中的错误:没有名为“ ggplot2”的软件包 调用:... withCallingHandlers-> withVisible-> eval-> eval->库

我最终计划在另一个R脚本“ knit.R”中运行此脚本,该脚本将使用参数列表运行markdown渲染,因为我想再次进行参数化报告...这种情况在knit.R脚本中有效在rstudio中运行。

有什么想法吗?

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