Question

我有像这样的距离矩阵

      1   2   3   4   5
A   0.1 0.2 0.3 0.5 0.6
B   0.7 0.8 0.9 1   1.1
C   1.2 1.3 1.4 1.5 1.6
D   1.7 1.8 1.9 2   2.1
E   2.2 2.3 2.4 2.5 2.6

现在我想像这样创建下三角矩阵

    1   2   3   4   5   A   B   C   D   E
1   0                                   
2   0.1 0                               
3   0.2 0.1 0                           
4   0.4 0.3 0.2 0                       
5   0.5 0.4 0.3 0.1 0                   
A   0.1 0.2 0.3 0.5 0.6 0               
B   0.7 0.8 0.9 1   1.1 0.6 0           
C   1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.1 0.5 0       
D   1.7 1.8 1.9 2   2.1 1.6 1   0.5 0   
E   2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.1 1.5 1   0.5 0

我只是从第一张表中扣除了2比1之间的距离，以获得1到2之间的遗传距离（0.2 - 0.1 = 0.1），就像我在其余的条目中所做的那样，我不知道这样做是正确的还是不做？，做了像下三角矩阵那样的计算。我在R

中尝试过这样的

x <- read.csv("AD2.csv", head = FALSE, sep = ",")
b<-lower.tri(b, diag = FALSE)

但我得到的只是TRUE和FALSE，因为输出不像距离矩阵。任何人都可以帮助解决这个问题，这里链接到我的example data。

Answer 1

您可以使用dist来计算子矩阵。然后使用cbind创建上半部分和下半部分。然后rbind两半。然后将上三角形设置为NA以创建所需的输出。

mat <- rbind(
    cbind(as.matrix(dist(tbl[1,])), tbl),
    cbind(tbl, as.matrix(dist(tbl[,1])))
)
mat[upper.tri(mat, diag=FALSE)] <- NA
mat

希望它有所帮助。

数据：

tbl <- as.matrix(read.table(text="1   2   3   4   5
A   0.1 0.2 0.3 0.5 0.6
B   0.7 0.8 0.9 1   1.1
C   1.2 1.3 1.4 1.5 1.6
D   1.7 1.8 1.9 2   2.1
E   2.2 2.3 2.4 2.5 2.6", header=TRUE, check.names=FALSE, row.names=1))

创建下三角遗传距离矩阵

1 个答案: