我有一个名为targetChain的Bio.PDB链。这是1nwx的E链。 这就是我的代码:
>>> X = [r for r in targetChain.get_residues()]
>>>
>>> np.asarray(X)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/opt/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/numeric.py", line 531, in asarray
return array(a, dtype, copy=False, order=order)
File "/opt/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/Entity.py", line 40, in __getitem__
return self.child_dict[id]
KeyError: 0
我无法弄清楚出了什么问题。 我正在和我一起工作 蟒-2.7.12
numpy 1.12.0
Bio version 1.70
现在,另一个奇怪的是这个代码适用于另一个PDB结构(例如4m链B)。
另外,我在另一台拥有numpy 1.8.0rcl的机器上试过它,它对我刚提到的两个PDB(1nwxE和4mneB)都很好。