我该如何监控资源"在snakemake工作流程中运行?

时间:2018-01-25 19:50:48

标签: snakemake

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我有大量的工作,其中一些是IO密集型的。我正在使用资源(http://snakemake.readthedocs.io/en/latest/snakefiles/rules.html#resources)来限制此类作业的数量,但其中一部分失败。似乎随着时间的推移,提交的作业数量似乎慢慢减少,我怀疑这可能是由于资源失败后资源没有被释放。我可以尝试将一个可重复的例子放在一起,但我想我会首先询问是否存在监控机制"可用"运行工作流程中的资源?

当然,对于如何进行故障排除的任何其他建议都表示赞赏。

谢谢, 肖恩

环境:

  • Python3.5
  • slurm cluster
  • Snakemake 4.3.1

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