Question

假设我创建了以下snakemake设置：

rule all_a:
    input:
        'a.txt',
        'output.txt'

rule all_b:
    input:
        'b.txt',
        'output.txt'

rule gen_a:
    input:
        'input.txt'
    output:
        'a.txt'


rule gen_b:
    input:
        'input.txt'
    output:
        'b.txt'


rule process_a:
    input:
        'a.txt'
    output:
        'output.txt'


rule process_b:
    input:
        'b.txt'
    output:
        'output.txt'

如果我尝试运行snakemake all_a，我会收到一个模糊的规则错误，因为有两个规则可以产生output.txt。但是，我认为因为all_a明确指定a.txt，所以snakemake应该能够找出哪个＆＃34;分支＆＃34;我想要的DAG。但实际上它原则上抱怨bc，它有足够的信息来执行DAG的两个分支。有没有办法让我明确指定要采用的路径？

Answer 1

通配符是单独评估的，输入通常可以来自不同的来源，所以这不是Snakemake天生试图限制的。

我会在Snakemake中使用ruleorder限制。

Snakemake在这方面是混杂的。如果Snakemake可以，而且它没有被告知，它会。我们通过限制所涉及的规则的范围（能够生成output.txt的1个规则的限制），或者通过提供Snakemake解决歧义（规则顺序）的方法来改进这一点。

snakemake可以通过指定中间输出文件来解决模糊规则吗？

1 个答案: