Question

如何使用python读取和显示dicom图像。我是python和IT领域的新手。请一些人简要介绍一下dicom图像处理所需的包和库以及打开dicom图像的代码。

Answer 1

DICOM图像通常用于存储医学图像。他们提供了很多信息。除图像数据外，它还存储许多重要的患者信息，例如患者的姓名，年龄，性别，医生的姓名等。

如果您只想预览dicom图像而不提取任何信息，请使用以下代码。您需要安装pydicom python软件包，可以使用pip install pydicom-

进行安装

import pydicom as dicom
import matplotlib.pylab as plt

# specify your image path
image_path = 'data/train_images/sample.dcm'
ds = dicom.dcmread(image_path)

plt.imshow(ds.pixel_array)

如果您要将图像转换为png / jpg，则可以执行以下操作-

import pydicom as dicom
import cv2   

# specify your image path
image_path = 'data/train_images/sample.dcm'
ds = dicom.dcmread(image_path)

pixel_array_numpy = ds.pixel_array

image_format = '.jpg' # or '.png'
image_path = image_path.replace('.dcm', image_format)

cv2.imwrite(image_path, pixel_array_numpy)

来源：https://medium.com/@vivek8981/dicom-to-jpg-and-extract-all-patients-information-using-python-5e6dd1f1a07d

Answer 2

如果您正在使用Windows，我建议您安装Anaconda以使用python。它有大多数库和包。

我建议您先安装以下库：

1）pydicom（对于python版本＆gt; 3.0）链接：https://anaconda.org/conda-forge/pydicom 2）Matplotlib（如果不在anaconda工作） 3）Numpy（如果不在anaconda工作）

以下代码应显示您的图片：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import os, glob
import pydicom
import pylab as pl
import sys
import matplotlib.path as mplPath

class IndexTracker(object):
    def __init__(self, ax, X):
        self.ax = ax
        ax.set_title('Scroll to Navigate through the DICOM Image Slices')

        self.X = X
        rows, cols, self.slices = X.shape
        self.ind = self.slices//2

        self.im = ax.imshow(self.X[:, :, self.ind])
        self.update()

    def onscroll(self, event):
        print("%s %s" % (event.button, event.step))
        if event.button == 'up':
            self.ind = (self.ind + 1) % self.slices
        else:
            self.ind = (self.ind - 1) % self.slices
        self.update()

    def update(self):
        self.im.set_data(self.X[:, :, self.ind])
        ax.set_ylabel('Slice Number: %s' % self.ind)
        self.im.axes.figure.canvas.draw()

fig, ax = plt.subplots(1,1)

os.system("tree C:/Users/Dicom_ROI")

plots = []

for f in glob.glob("C:/Users/Dicom_ROI/AXIAL_2/*.dcm"):
    pass
    filename = f.split("/")[-1]
    ds = pydicom.dcmread(filename)
    pix = ds.pixel_array
    pix = pix*1+(-1024)
    plots.append(pix)

y = np.dstack(plots)

tracker = IndexTracker(ax, y)

fig.canvas.mpl_connect('scroll_event', tracker.onscroll)
plt.show()

使用python读取和打开dicom图像

2 个答案: