我在几个不同的站点测量了存在缺失物种数据的数据集。数据是在10年的时间内测量的。在许多地方，一年内进行了几次测量。测量频率不是恒定的，也不是所有部位都测量过几次，有些甚至只测量过一次。
我知道经典的 Detrended Correspondance Analysis 在这里没有帮助，因为它不考虑辅助因素时间。有没有办法包括所有采样点或任何其他有用的对应分析方法？
非常感谢您的帮助！
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如果你想估计时间效应或将其分解，是的，但不是素食主义者。 Canoco 已经取消了规范对应分析（DCCA），这是DCA的约束形式，但素食主义者不会也不太可能拥有它。
没有什么可以阻止你将所有样本扔进DCA，你无法消除时间效应。
或者，选择合适的相异系数，并通过素食主义者的包装metaMDS()使用NMDS。这将为您提供类似DCA的分析。如果您想考虑时间效应，那么使用相同的不相似性，请将dbrda()视为一个选项。