R命令行将文件名传递给参数中的脚本（Windows）

Question

我很难将文件名传递给我的R脚本。该文件是一个csv文件，其中包含多次运行脚本的批处理参数。我试图在此处包含它，以便用户无需编辑R脚本以指定该文件的位置。

我的Windows命令行语法是：

R CMD BATCH --slave "--args fn=batch.csv" myscript.r output.txt

我在R脚本中检索到的最接近的是：

eval(parse(file=commandArgs()[8])))
batch_args = read.table(fn, sep=",")

我已经尝试了commandArgs(trailingOnly=TRUE)和parse(text=commandArgs()[8])等，没有运气。我见过的大多数文档都不适用于传递文件名。谁能想到解决方案？

Answer 1

正如我在评论中所说，我会使用Rscript代替R CMD BATCH：

Rscript myscript.R batch.csv

其中myscript.R包含：

args <- commandArgs(TRUE)
batch_args <- read.table(args[1], sep=",")
# loop over multiple runs

Answer 2

除了使用Rscript（正如Josh所说），您还应该使用CRAN包getopt或optparse，因为它们是为了这个目的而编写的。

Answer 3

“没有运气”是什么意思？文件名在那里，在commandArgs（）函数中，你只需要弄清楚如何把它拿出来。代码和错误消息很方便。

如果唯一的额外参数是文件名，那么这不是问题，你知道它的位置。当你开始传递更复杂的论点时，会让你感到困惑的是什么。

你也通过传递'fn = foo.csv'使事情复杂化。只需传递文件名并将其分配给脚本中的fn即可。如果你真的想使用eval，你可能需要引用你的文件名，因此myscript.r是：

ca = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
eval(parse(text=ca))
print(read.csv(fn))

然后运行：

R  --slave "--args fn='batch.csv'" < myscript.r
     A B C
   1 1 2 3
   2 6 8 3

batch.csv是一个简单的csv文件。

您可以在脚本中对“ca”进行循环并评估所有内容。但这有点危险，因为你很容易打破基本功能。

就个人而言，我会遍历ca，为一组已知名称寻找名称=值对，然后设置它们。基本上实现了getopt，但是有人可能已经这样做了......

Answer 4

试

fn="batch.csv"; R CMD BATCH --slave "--args $fn" myscript.r output.txt