使用基数R在树形图中对树枝进行着色的功能

Question

我想根据给定的树形图对象，指定的簇数和颜色矢量，编写R function来为树形图中的分支着色。我想使用base R代替dendextend。

使用此答案中的确切代码：https://stackoverflow.com/a/18036096/7064628来回答类似问题：

# Generate data
set.seed(12345)
desc.1 <- c(rnorm(10, 0, 1), rnorm(20, 10, 4))
desc.2 <- c(rnorm(5, 20, .5), rnorm(5, 5, 1.5), rnorm(20, 10, 2))
desc.3 <- c(rnorm(10, 3, .1), rnorm(15, 6, .2), rnorm(5, 5, .3))

data <- cbind(desc.1, desc.2, desc.3)

# Create dendrogram
d <- dist(data) 
hc <- as.dendrogram(hclust(d))

# Function to color branches
colbranches <- function(n, col)
  {
  a <- attributes(n) # Find the attributes of current node
  # Color edges with requested color
  attr(n, "edgePar") <- c(a$edgePar, list(col=col, lwd=2))
  n # Don't forget to return the node!
  }

# Color the first sub-branch of the first branch in red,
# the second sub-branch in orange and the second branch in blue
hc[[1]][[1]] = dendrapply(hc[[1]][[1]], colbranches, "red")
hc[[1]][[2]] = dendrapply(hc[[1]][[2]], colbranches, "orange")
hc[[2]] = dendrapply(hc[[2]], colbranches, "blue")

# Plot
plot(hc)

在上面的代码中，您必须手动选择分支以重新着色它们。我想有一个函数找到k最高分支并为它们（以及它们所有的子分支）改变颜色。到目前为止，我尝试迭代搜索最高的子分支，但似乎是不必要的困难。如果有一种方法可以提取所有分支的高度，找到k最高，并为每个子分支更改edgePar，那就太棒了。

Answer 1

dendextend R包是为这些任务而设计的。您可以在the vignette中看到许多用于更改树形图分支颜色的选项。

例如：

par(mfrow = c(1,2))
dend <- USArrests %>% dist %>% hclust(method = "ave") %>% as.dendrogram
d1=color_branches(dend,k=5, col = c(3,1,1,4,1))
plot(d1) # selective coloring of branches :)
d2=color_branches(d1,5)
plot(d2)