如何在素食主义者的biplot()函数

时间:2017-12-05 20:19:03

标签: r vegan biplot

我正在尝试在森林的不同地层(树冠层和林下层)中创建一系列关于昆虫丰度的PCA可发布双图。我正在使用rda()函数。为了创建情节,我正在使用纯素的biplot()函数并对其进行一些修改:

Family=read.table("Family2.txt", header=T)
strata=read.table("Strata.txt", header=T)

family.pca=rda(Family)

with(strata, levels(Strata))

biplot(family.pca, type=c("text", "none"), col=c("black", "black"), xlab="", 
ylab="")
title(xlab="PC1 (86.8%)", ylab="PC2 (9.7%)", mgp=c(2.2, 2.2, 0))
points=c(16, 1)
colour=c("black", "black")
with(strata, points(family.pca, display = "sites", col = colour, pch = 
points))
with(strata, legend("topright", legend = levels(Strata), bty = "n", col = 
colour, pch = points, pt.bg = points))

结果非常好:

enter image description here

但是因为我将几个biplots连接到一个更大的图形,所以这些家族的标签(通常称为物种标签')太小了。我尝试使用cex=1.5中的biplot()更改它们,但似乎被函数的默认值覆盖了。当我通过设置type=c("none", "none")创建空双标图框时,我可以使用text()函数添加更大的种类标签,例如

text(family.pca, display = "species", cex = 1.0, col = "black")

然后我不知道如何将箭头添加到情节中(我真的希望在那里有箭头......)。

有人知道这种情况的解决方案吗?非常感谢答案。

1 个答案:

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我建议转到?biplot您应该在文档中看到对参数cex的解释。这应该可以帮助您,因为它与绘图的标签和这些标签的大小有关。