检查R的功能（如果它们是在C

Question

众所周知，基础R使用BLAS进行计算加速。在我的代码中，我想使用基本R中的那些函数，并且可能是它使用BLAS的包。如何获得完全使用BLAS的R函数列表？或者我如何检查我想在我的代码中使用的函数是否使用BLAS（ATLAS，LAPACK等）？

Answer 1

这不是一个完整的答案，因为我不是这方面的专家。但是，也许你或其他人可以采取一些这些开始的想法，并从中创建一个解决方案（如果你可以发布那么会很棒！）

检查R的功能（如果它们是在C

中定义的）

只有调用C代码的函数才能使用BLAS。因此，找出这些功能可能是第一步。

capture.output(print( FUN ))为函数定义了一个字符串向量（每行一个元素）所以列出所有按.Internal，.Primitive等定义的函数。以下内容：

# Set this to the package you want to screen
envName <- 'base'
# Get the environment for the given name
env <- pos.to.env(which(search() == paste0('package:',envName)))
# Return TRUE if `string` contains `what`
contains <- function(string, what){ 
  length(grep(what, string, fixed = TRUE)) != 0
}
# Build up a matrix which contains true if an element is defined in terms
# of the following functions which indicate calls to C code
signalWords <- c( '.Primitive',  '.Internal',  '.External'
                , '.Call'     ,  '.C'       , '.Fortran' )
envElements <- ls(envir = env)
funTraits <- matrix(FALSE, nrow = length(envElements), ncol = length(signalWords),
                    dimnames = list(envElements, signalWords))
# Fill up the values of the matrix by reading each elements' definition
for (elementName in envElements){ 
  element <- get(elementName, envir = env)
  if(!is.function(element)){
   next
  } 
  fun.definition <- capture.output(print(element))
  for(s in signalWords){
    if(contains(fun.definition, s)){
      funTraits[elementName, s] <- TRUE
    }
  }
}

当函数调用外部C函数（而不是.Primitive函数）时，它看起来像这样：

dnorm
## function (x, mean = 0, sd = 1, log = FALSE) 
## .External(C_dnorm, x, mean, sd, log)
## <bytecode: 0x1b1eebfc>
## <environment: namespace:stats>

然后追捕.External调用的对象。它具有相应C函数的名称。使用PACKAGE:::OBJECT$name查找：

stats:::C_dnorm$name
## [1] "dnorm"

进一步了解：How can I view the source code for a function?，它还提供了有关在何处查找已编译函数的源代码的信息，以及How to see the source code of R .Internal or .Primitive function?

最后，您必须以某种方式筛选C代码及其为BLAS例程调用的所有函数...

LD_PRELOAD在调用BLAS函数时记录的内容

您可以开发一个具有BLAS名称的DLL，但只需记录其使用情况，并在将调用转发给真正的BLAS例程之前从其中调用它... LD_PRELOAD UNIX环境变量可以用于加载此库而不是BLAS。这仅在编译R以将BLAS加载为动态链接库时才有效。

https://blog.netspi.com/function-hooking-part-i-hooking-shared-library-function-calls-in-linux/

另请参阅：Why can R be linked to a shared BLAS later even if it was built with `--with-blas = lblas`?

哪些R函数完全基于BLAS（ATLAS，LAPACK等）？

1 个答案:

检查R的功能（如果它们是在C

LD_PRELOAD在调用BLAS函数时记录的内容