从scipy`link`输出获得距离矩阵

Question

我想在使用scipy.cluster.hierarchy.linkage时从链接输出重建压缩距离矩阵。

输入是m个n观察矩阵。因此，我理解，距离是在内部计算的，然后最终在链接表中输出。

有人知道从链接输出中获得压缩距离矩阵的解决方案吗？

Answer 1

链接输出显然不包含整个距离矩阵。输出为（n-1 x 4），但整个距离矩阵要大得多：n *（n-1）/ 2.

矩阵的内容在Scopus文档中有详细描述。