Question

我在Windows机器上使用Python 3工作，尽管许多努力都无法安装pygraphviz。单独讨论。

我有networkx和graphviz模块... 是否有在networkx中构建网络图并提取为graphviz格式以显示不使用pygraphviz的范例？

看来drawing.nx_agraph和nx_agraph中的所有相关功能都需要pygraphviz，但我已经习惯使用networkx并且喜欢其中的功能。在networkx的文档中，它甚至表示他们专注于图形对象的开发而不是实际的显示。

Answer 1

你可以使用pydot（https://pypi.python.org/pypi/pydot）作为PyGraphviz的纯Python替代品

In [1]: import networkx

In [2]: import sys

In [3]: G = networkx.path_graph(4)

In [4]: networkx.drawing.nx_pydot.write_dot(G,sys.stdout)
strict graph  {
0;
1;
2;
3;
0 -- 1;
1 -- 2;
2 -- 3;
}

Answer 2

我知道这是一个古老的问题，但是我在寻找同一件事：如何从NetworkX中的图形中获取点符号？

（如果您只对答案感兴趣，请跳过本段。我实际上想显示NetworkX多图，但是即使NetworkX是用于操作网络和图形的强大python库，它的选择也相当有限。当显示（渲染）图形和网络时，NetworkX使用Matplotlib提供用于可视化图形的基本功能，而没有用于可视化多图形的选项。NetworkX不适用于可视化图形，因此在NetworkX documentation中，他们建议使用某些图形可视化工具Cytoscape，Gephi，Graphviz。所有这些工具都有某种python接口，但是最好的一种（最简单易用）是graphviz，它支持Graphviz drawing software的DOT语言。graphviz中的图形可视化非常简单方便，您可以使用诸如{{ 1}}（默认情况下会创建一个PDF文件，并在系统的默认PDF查看器中将其打开），但您也可以查看和创建图像文件（例如SVG和PNG），因此理想的转换将NetworkX图转换为graphviz图，并需要将NetworkX图转换为DOT表示法，然后graphviz即可读取。）

Aric的解决方案很简单，可用于打印图形的DOT表示法，但是有点麻烦，在我的情况下，我需要将DOT表示法保存在字符串变量中，以便可以在{ {3}}来自该DOT表示法。

graph.view()（graphviz）是创建DOT格式并将其保存到路径（文件句柄）的函数。该功能的代码为：

networkx.drawing.nx_pydot.write_dot

这为我们提供了答案的解决方案：

@open_file(1, mode='w')
def write_dot(G, path):
    P = to_pydot(G)
    path.write(P.to_string())
    return

函数from networkx import path_graph from networkx.drawing.nx_pydot import to_pydot G = path_graph(4) dot = to_pydot(G).to_string() print(dot)（source）使用source库来创建to_pydot对象，该对象具有返回字符串表示形式的pydot.Dot（pydot）方法以DOT语言显示的图形。

P.S .：要在source中使用render a DOT source code，您可以执行以下操作：

to_string

P.P.S .：当您使用graphviz（图像的左侧）和Matplotlib（图像的右侧）可视化图形from graphviz import Source src = Source(dot) # dot is string containing DOT notation of graph src.view()时，以下两张图片显示了不同之处：

graphviz

端口networkx图表到graphviz没有pygraphviz

2 个答案: