Question

我正在努力学习一些Python图形可视化。我发现了一些正在做some things的帖子，我想尝试一下。不幸的是，我没有走得太远，遇到了这个错误：AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

我系统上重现错误的最简单的代码片段就是这样，

In [1]: import networkx as nx
In [2]: G=nx.complete_graph(5)
In [3]: nx.draw_graphviz(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
&lt;ipython-input-3-481ad1c1771c&gt; in &lt;module&gt;()
----&gt; 1 nx.draw_graphviz(G)
/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.pyc in draw_graphviz(G, prog, **kwargs)
982 See networkx.draw_networkx() for a description of optional keywords.
983 """
--&gt; 984 pos = nx.drawing.graphviz_layout(G, prog)
985 draw(G, pos, **kwargs)
986
AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

我发现类似的questions和posts对此组合有困难，但错误不完全相同。一个是close，但它自动解决了自己。

首先，我验证了NetworkX所有必需的软件包，并安装了PyGraphViz（列出了与Scipy类似的要求）。

接下来，我寻找剪辑来测试我在Python中安装这些模块。前两个示例来自NetworkX Reference Documentation。这列出了一些使用MatPlotLib和GraphViz的示例剪辑。

MatPlotLib代码示例适用于我（将图像渲染到屏幕上），

In [11]: import networkx as nx
In [12]: G=nx.complete_graph(5)
In [13]: import matplotlib.pyplot as plt
In [13]: nx.draw(G)
In [13]: plt.show()

但是， GraphViz剪辑也会产生类似的错误，

In [16]: import networkx as nx
In [17]: G=nx.complete_graph(5)
In [18]: H=nx.from_agraph(A)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-18-808fa68cefaa> in <module>()
----> 1 H=nx.from_agraph(A)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'from_agraph'
In [19]: A=nx.to_agraph(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-19-32d1616bb41a> in <module>()
----> 1 A=nx.to_agraph(G)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'to_agraph'
In [20]: print G
complete_graph(5)

然后我在Layout & Drawing上尝试了PyGraphViz的教程页面。这也有一些剪辑。 PyGraphViz与Neato（默认），PyDot和Circo Post Script输出（使用Gimp查看）传递。（唯一的区别是这些PyGraphViz示例不会呈现给显示，而是呈现给文件）。

In [1]: import pygraphviz as pgv
In [2]: d={'1': {'2': None}, '2': {'1': None, '3': None}, '3': {'2': None}}
In [3]: A=pgv.AGraph(d)
In [4]: A.write("pygraphviz_test_01.dot")
In [5]: A.layout()
In [6]: A.draw('pygraphviz_test_01.png')

增加复杂性， PyGraphViz requires GraphViz包二进制文件才能正常工作。我使用的是Arch Linux，并安装了该发行版的版本。 Arch Linux有一个example to test installation（再次，输出到文件）也通过了。

我错过了什么？ 什么可能导致NetworkX＆amp; PyGraphViz单独工作但不在一起？

Answer 1

networkx-1.11中的draw_graphviz函数中存在一个小错误，该错误由graphviz绘图工具不再导入networkx的顶级命名空间的更改触发。

以下是解决方法

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G = nx.complete_graph(5)

In [3]: from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout

In [4]: pos = graphviz_layout(G)

In [5]: nx.draw(G, pos)

要使用其他功能，例如to_agraph，write_dot等，您需要明确使用更长的路径名称

 nx.drawing.nx_agraph.write_dot()

或将该函数导入顶级命名空间

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot()
write_dot()

Answer 2

nx.nx_pydot.graphviz_layout()似乎是在 Networkx版本1.11 中使用graphviz_layout的方式。

您可能需要通过

安装Graphviz

sudo apt-get install graphviz

文档中的一些示例代码：

import networkx as nx
G = nx.complete_graph(4)
pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G)

我建议将其作为Graphviz_layout documentation for 1.11

什么可能导致NetworkX＆amp; PyGraphViz单独工作但不在一起吗？

2 个答案: