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Question

我正在尝试遍历我的文件并以2个为一组获取行。文件中的每个数据条目都包含一个标题行，然后以下行包含数据。

我正在尝试：遍历文件，抓住每两行并操纵它们。我目前的问题是我试图回应循环中的下一行。因此，每当我点击标题行时，它都会打印出数据行（下一行）。

out="$(cat $1)" #file
file=${out}

iter=0
for line in $file;
do
    if [ $((iter%2)) -eq 0 ];
    then
            #this will be true when it hits a header
            echo $line
            # I need to echo the next line here
    fi
    echo "space"
    iter=$((iter+1))

done

以下是可能的输入文件示例：

>fc11ba964421kjniwefkniojhsdeddb4_runid=65bedc43sdfsdfsdfsd76b7303_read=42_ch=459_start_time=2017-11-01T21:10:05Z <br>
TGAGCTATTATTATCGGCGACTATCTATCTACGACGACTCTAGCTACGACTATCGACTCGACTACSAGCTACTACGTACCGATC
>fd38df1sd6sdf9867345uh43tr8199_runid=65be1fasdfsdfgdsfg4376b7303_read=60_ch=424_start_time=2017-11-01T21:10:06Z <br>
TGAGCTATTATTATCGGCGACTATCTATCTACGACGACTCTAGCTACGACTATCGACTCGACTACSAGCTACTACGTACCGATC
>1d03jknsdfnjhdsf78sd89ds89cc17d_runid=65bedsdfsdfsdf03_read=24_ch=439_start_time=201711-01T21:09:43Z <br>
TGAGCTATTATTATCGGCGACTATCTATCTACGACGACTCTAGCTACGACTATCGACTCGACTACSAGCTACTACGTACCGATC

标题行以>开头，数据是包含TGACATC

的行

编辑：

对于那些询问输出的人，基于原始问题，我试图一起访问标题和数据。每个标题和匹配数据将被处理6次。最终目标是拥有每个标头和数据对：

＆gt; fc11ba964421kjniwe（原始标题）
GATATCTAGCTACTACTAT（原始数据）

翻译为：

＆gt; F1_fc11ba964421kjniwe
ASNASDKLNASDHGASKNHDLK
＆GT; F2_fc11ba964421kjniwe
ASHGASKNHDLKNASDKLNASD
＆GT; F3_fc11ba964421kjniwe
KNHDLKNASDKLNASDASHGAS
＆GT; R1_fc11ba964421kjniwe
ASHGLKNASDKLNASDASKNHD
＆GT; R2_fc11ba964421kjniwe
AKNASDKLNASDSHGASKNHDL
＆gt; R3_fc11ba964421kjniwe
SKNHDLKNASDKASHGALNASD

然后下一个标题和数据条目将生成另外6行

Answer 1

如果您知道您的记录每个都包含2行，请在read循环的每次迭代中使用while命令两次。

while IFS= read -r line1; IFS= read -r line2; do
    ...
done < "$1"

Answer 2

您的for line in $file符号不起作用;在bash中，in之后的文本是一系列值，而不是输入文件。您可能正在寻找的是while read循环，它将文件作为标准输入。像这样：

while read -r header; do

  # We should be starting with a header.
  if [[ $header != >* ]]; then
    echo "ERROR: corrupt header: $header" >&2
    break
  fi

  # read the next line...
  read -r data

  printf '%s\n' "$data" >> data.out

done < "$file"

我不知道你在寻找什么输出，所以我只是做了些什么。此循环使用if语句强制执行标头位置，并将数据行打印到输出文件。

当然，如果你不想要这种强制执行，你可以简单地说：

grep -v '^>' "$file"

返回不是标题的行。

访问for循环bash中的下一项

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2 个答案: