PCA颜色分组取决于列名称

时间:2017-10-30 16:08:55

标签: r pca

我想做一个PCA分析和可视化,看起来很容易,但我无法弄清楚如何让不同的组在不同的颜色。 我的数据如下所示:

  V1   meanLL   meanML     meanHL   meanFL
 1 AT3G02730 22684834 24936025 22896942.1 26281180
 2 AT5G51570      NaN  2946262  4513876.3      NaN
 3 AT2G41680  7080077  2461699  1697517.9  5756359
 4 AT5G19855      NaN  2655188        NaN  2242139
 5 ATCG00190  1669609  1783529   721131.7  1943212
 6 AT2G36885  2729459  5683605  7895497.2  6903475
 > 

我找到了一些有用的包

library(ggfortify)
library(ggplot2)
y <- read.table(header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE,
                text = " V1   meanLL   meanML     meanHL   meanFL
                1 AT3G02730 22684834 24936025 22896942.1 26281180
                2 AT5G51570      NaN  2946262  4513876.3      NaN
                3 AT2G41680  7080077  2461699  1697517.9  5756359
                4 AT5G19855      NaN  2655188        NaN  2242139
                5 ATCG00190  1669609  1783529   721131.7  1943212
                6 AT2G36885  2729459  5683605  7895497.2  6903475")

df <-log(y[, c(2,3,4,5)])
df<- na.omit(df)
autoplot(prcomp(df))

所以我可以得到最基本的情节但是当谈到颜色时我迷失了,因为我的团体是我的列名......

 autoplot(prcomp(df), data = y, colour = colnames(y)

 autoplot(prcomp(df), data = y , loadings = TRUE)

我想要颜色,我的老板想要颜色,帮助,请帮助

0 个答案:

没有答案