在macOS上并行执行randomforestSRC

Question

我对randomForestSRC包中随机生存林的并行估计存在问题。我跟着this guide并尝试在Mac（Sierra）上安装它。但是，rfsrc()函数仍然在单个线程上运行。您能否建议如何实现并行执行，因为该功能需要很长时间才能在更大的数据集上进行计算。我直接按照教程中描述的步骤进行操作，但没有成功。

提前致谢！

Answer 1

您的问题中提到的指南是从2013年开始的，从那时起，OpenMP并行执行的成功流程已经大大简化。实际上，CRAN上当前版本（2.5.1）上可用的二进制文件应该在Sierra上并行运行。源代码包括现成的配置文件，该文件是autoconf命令的结果。因此，并行执行现在是默认行为。如果您尚未升级到最新版本，我建议您这样做。如果CRAN提供的二进制构建仍然没有打开并行执行，我建议使用Homebrew或其他软件包管理器将编译器升级到GCC，然后根据GitHub页面上的说明适当地创建和按摩Makevars文件，以便允许CRAN包安装过程选择GCC编译器而不是默认的Clang编译器：

https://kogalur.github.io/randomForestSRC/building.html