Question

使用此示例数据来查看我的意思

tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))

species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")

size <- c(0.10,0.20,0.25,0.30,0.30,0.15,0.15,0.20,0.15,0.15)

radius <- (size*40)

x <- c(9,4,25,14,28,19,9,22,10,2)

y <- c(36,7,15,16,22,24,39,20,34,9)

data <- data.frame(tag, species, size, radius, x, y)


# Plot the points using qplot (from package tidyverse)
qplot(x, y, data = data) +
  geom_point(aes(colour = species, size = size))

现在您可以看到该情节，我想要做的是每个“A物种”点，我想确定半径* 40内的最大点。

例如，在图的左下角，您可以看到物种A（标记2）将产生足够大的半径以包含近似物种D点。

然而，地块最右侧的物种A点（标记3）会产生一个足够大的半径，以包含近物种B和物种C点，在这种情况下我想要某种输出，用于识别物种A半径内的最大个体。

我想知道在这个数据集上我可以运行什么（如果有的话）以找到每个物种A点的最大“半径内”点，并得到这样的输出：

物种A点 ---- 半径范围内的最大点

物种A标签1 -----物种C标签9

物种A标签2 -----物种D标签10

物种A标签3 -----物种B标签5

物种A标签4 -----物种C标签8

我过去曾使用spatstat和CTFSpackage制作一些图，但我无法弄清楚如何“找到半径范围内的最大邻居”。也许我可以在ArcMAP中解决这个问题？此外，这只是一个小示例数据集。实际上，我会想要找到数千个点的“半径范围内最大的邻居”。

非常感谢任何帮助或反馈。

Answer 1

以下找到每个物种在给定半径范围内的最大物种和标签对。

all_df <- data # don't wanna have a variable called data
res_df <- data.frame()
for (j in 1 : nrow(all_df)) {

  # subset the data
  df <- subset(all_df, species != species[j])
  # index of animals within radius
  ind <- which ((df$x - x[j])^2 +  (df$y - y[j])^2 < radius[j]^2 )

  # find the max `size` in the subset df
  max_size <- max(df$size[ind])
  # all indices with max_size in df
  max_inds <- which(df$size[ind] == max_size)
  # pick the last one is there is more than on max_size  
  new_ind <- ind[max_inds[length(max_inds)]]

  # results in data.frame
  res_df <- rbind(res_df, data.frame(org_sp = all_df$species[j], 
                                     org_tag = all_df$tag[j], 
                                     res_sp = df$species[new_ind], 
                                     res_tag = df$tag[new_ind]))
}

res_df
#      org_sp org_tag res_sp res_tag
# 1       A       1      C       9
# 2       A       2      D      10
# 3       A       3      B       5
# 4       A       4      C       8
# 5       B       5      A       3
# 6       B       6      C       8
# 7       B       7      C       9
# 8       C       8      B       5
# 9       C       9      B       7
# 10      D      10      A       2

确定另一个点半径范围内的最大点？

1 个答案: