Question

我试图对fMRI数据进行建模，以便检查实验设计的效果。我一直在关注几个教程并提出问题。我首先需要通过将刺激输入时间序列与规范血液动力学响应函数（HRF）进行卷积来建模BOLD响应。我检查的第一个教程说，只要“形状”，就可以制作任何振幅的HRF。 HRF是正确的，因此他们在matlab中创建了以下HRF：

hrf = [ 0 0 1 5 8 9.2 9 7 4 2 0 -1 -1 -0.8 -0.7 -0.5 -0.3 -0.1 0 ]

然后通过使用＆＃39; conv＆＃39;将HRF与刺激进行卷积。这样：

hrf_convolved_with_stim_time_series = conv(input,hrf);

这是非常简单的，但我希望我的模型最终尽可能准确，所以我检查了一个更高级的教程，他们做了以下工作。首先，他们创建了一个20个时间点的向量，然后使用了＆＃39; gampdf＆＃39;创建HRF的功能。

t = 1:1:20; % MEASUREMENTS
h = gampdf(t,6) + -.5*gampdf(t,10); % HRF MODEL
h = h/max(h); % SCALE HRF TO HAVE MAX AMPLITUDE OF 1

通过这种方式比较简单的方式有效吗？我想我有3个具体问题。

＆＃39; gampdf＆＃39;帮助页面超短，只说“＆＃39; 6＆＃39;和＆＃39; 10＆＃39;在每个函数调用中代表A＆＃39;这是一个“形状”的形状。参数。这是什么意思？它没有提供其他信息。为什么第一次通话时为6，第二次通话为10？
这个问题与上述问题直接相关。此代码是针对TR = 1并且刺激非常短（如1s）的情况编写的。在我的情况下，我的TR = 2，我的刺激很长（12秒）。我尝试通过以下方式调整上面的代码来为我的情况制作一个有效的HRF：
```
t = 1:2:40; % 2s timestep with the 40 to try to equate total time to above
h = gampdf(t,6) + -.5*gampdf(t,10); % HRF MODEL
h = h/max(h); % SCALE HRF TO HAVE MAX AMPLITUDE OF 1
```

因为我不知道＆＃39; gampdf＆＃39;参数意味着（或者说那条线的作用，实际上）我不确定这会给我什么，我正在寻找。我基本上得出20个值，其中1-14个数字值在其中，但15-20个都是0.我假设在整个12s刺激期间会有响应（前6个TRs所以值1-6 ）通过适当的整改，这可能是其余的价值，但我不确定。

最后的问题。其他代码没有＆＃39;缩放＆＃39; HRF的幅度为1.最重要的是这个吗？

Answer 1

您选择的规范HRF取决于BOLD信号来自大脑的位置。选择任何HRF是不合适的。您最好的模型来源是来自点亮的评论。我已经联系了一篇讨论merits of multiple HRF models的论文。方法部分提出了一些重点。

在MATLAB中建模hrf时间序列

1 个答案: