GOHeat - x轴标签（基因名称）不会显示在图上

Question

我试图用GOplot包绘制我的Gene Ontology数据，特别是GOHeat（）函数。不幸的是，显示基因名称存在问题 - 图上的x轴标签。这是问题的可视化：

从小插图中描绘出它应该是什么样子：

以及我在绘制它时的样子：

我决定仔细研究GOHeat（）函数，它很简单，整个函数是here但是我试图修改ggplot（）：

  g <- ggplot() + 
    geom_tile(data = df_o, aes(x = x, y = y, fill = z))+
    scale_x_discrete(breaks = 1:length(unique(df_o$x)), labels = unique(df_o$lab)) +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5), axis.title.x=element_blank(), axis.title.y=element_blank(),
          axis.text.y = element_text(size = 14), panel.background=element_blank(), panel.grid.major=element_blank(),
          panel.grid.minor=element_blank())

我认为axis.text.x = element_text(...)中的marigins，但我的努力根本没有改变情节，甚至发生了错误。

为了简化操作，我展示了数据的样子：

> head(unique(df_o$x))
[1] 1 2 3 4 5 6
> head(unique(df_o$lab))
[1] TGFBR3  NRP2    GNA13   SLC22A5 APOE    LEPR   
37 Levels: ACVRL1 AMOT APOE ATP6V0A1 CAV1 CDH2 CDH5 CERKL CXCR4 ECSCR     EFNB2 FGF2 ... VANGL2

我将非常感谢任何线索如何开启＆＃39; x轴标签。

Answer 1

这是一个固定的功能：

library(GOplot)
data(EC)
circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist)
chord <- chord_dat(data = circ, genes = EC$genes, process = EC$process)
GOHeat_fix(chord[,-8], nlfc = 0)

示例：

coord_fixed()

我使用标签解决了问题并添加了resume()，因为这通常是制作热图的方式。