工作解决方案

Question

在Dirk对this question的评论中，我指出了RcppArmadillo使用的configure.ac脚本，以便在编译时以编程方式检查OS X上是否支持OpenMP。然后我想这对我来说听起来过于复杂和不必要，但我尝试了一些事情来避免OpenMP问题，但是当我在Travis上测试它时似乎仍然存在。

所以我现在所做的就是：

1。 configure.ac

我（有点肆无忌惮，但我当然会尊重GPL-2许可证）复制了RcppArmadillo使用的configure.ac脚本，删除了一些部分（例如LAPACK检查）并调整了名称等我的包

2。 Makevars

将src/Makevars重命名为src/Makevars.in，现在显示为

PKG_CXXFLAGS = -I../inst/include @OPENMP_FLAG@
PKG_LIBS= @OPENMP_FLAG@ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

和src/Makevars.win

PKG_CXXFLAGS = -I../inst/include -I. $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

3。清理

添加了包含

的cleanup文件

#!/bin/sh
rm -f config.* src/Makevars src/config.h inst/include/pkgConfigGenerated.h

4。 pkgConfigGenerated.h

添加了一个文件inst/include/pkgConfigGenerated.h.in，如下所示：

#ifndef pkg__pkgConfigGenerated__h
#define pkg__pkgConfigGenerated__h
@HAVE_OPENMP@
#endif

5。 pkgConfig.h

根据RcppArmadilloConfig.h文件，我创建了inst/include/pkgConfig.h作为

#if defined(WIN32) || defined(_WIN32)
   #define ARMA_USE_OPENMP
#else
   #include <pkgConfigGenerated.h>
#endif

我的问题：

现在我猜我需要添加#include <pkgConfig.h> 到src中的cpp文件，因为这是我相信RcppArmadillo使用它的方式。它是否正确？当我在Linux上测试它时，它抱怨找不到它：fatal error: pkgConfig.h: No such file or directory。我需要做一些额外的链接吗？
我还需要做其他事吗？

工作解决方案

根据Dirk的回答，我做了以下事情。我从configure.ac借用了RcppArmadillo文件，并将我需要的部分包含在内进行了一些细微的更改（我将其全部包含在此处以供将来参考）：

## Copyright Dirk Eddelbuettel for RcppArmadillo (GPL-2)
AC_PREREQ(2.61)
AC_INIT([pkg], 0.1.0)

: ${R_HOME=$(R RHOME)}
if test -z "${R_HOME}"; then
    AC_MSG_ERROR([Could not determine R_HOME.])
fi

CXX=$(${R_HOME}/bin/R CMD config CXX)
CXXFLAGS=$("${R_HOME}/bin/R" CMD config CXXFLAGS)

AC_LANG(C++)
AC_REQUIRE_CPP

openmp_flag=""
openmp_cflag=""

AC_MSG_CHECKING([for macOS])
RSysinfoName=$("${R_HOME}/bin/Rscript" --vanilla -e 'cat(Sys.info()[["sysname"]])')
if test x"${RSysinfoName}" == x"Darwin"; then
   AC_MSG_RESULT([found])
   AC_MSG_WARN([OpenMP unavailable and turned off.])
   openmp_flag="-DARMA_DONT_USE_OPENMP"
else
   AC_MSG_RESULT([not found as on ${RSysinfoName}])
   AC_MSG_CHECKING([for OpenMP])
   allldflags=$(${R_HOME}/bin/R CMD config --ldflags)
   hasOpenMP=$(echo ${allldflags} | grep -- -fopenmp)
   if test x"${hasOpenMP}" == x""; then
      AC_MSG_RESULT([missing])
      openmp_flag="-DARMA_DONT_USE_OPENMP"
   else
      AC_MSG_RESULT([found])
      openmp_flag='$(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)'
      openmp_cflag='$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)'
   fi
fi

AC_SUBST([OPENMP_CFLAG], ["${openmp_cflag}"])
AC_SUBST([OPENMP_FLAG], ["${openmp_flag}"])
AC_CONFIG_FILES([src/Makevars])
AC_OUTPUT

我的主要错误是我认为此autoconf文件会自动调用configure.ac来获取configure，但事实并非如此！

相应的Makevars.in是

PKG_CXXFLAGS = @OPENMP_FLAG@
PKG_LIBS= @OPENMP_CFLAG@ $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

（也许两个标志可以简化为一个，但不要修复未破坏的......）

现在我在Linux和OS X上都传递了构建版本（当devel无法安装时，OS X和RcppArmadillo版本的R除外，但这似乎是一个不同的问题）。

Answer 1

一到四个似乎很好;我甚至认为你不需要两个文件。只需设置ARMA_USE_OPENMP 或其补充ARMA_DONT_USE_OPENMP即可。

考虑一下，也可以分别通过-DARMA_USE_OPENMP或-DARMA_DONT_USE_OPENMP添加到编译标记中。

五有点麻烦，因为你似乎不知道如何设置包含标志。更多的理由不依赖额外的文件，嗯？ ; - ）

让我们看看这是怎么回事。我们可以决定帮助提供您可以从脚本configure调用的R级函数（可以使用bash，或使用Rscript）。

编辑：刚刚实现了可以使用的更简单的修复：只需将C ++ 98作为编译标准。正如编写R扩展所说：

相反，确保即使在何时使用C ++ 98标准这不是编译器默认值，请使用
 SystemRequirements: C++98 
或
 CXX_STD = CXX98

这也将关闭Armadillo对OpenMP的偏好，它始终在C ++ 11下。

Answer 2

请参阅您关联的PR中的评论：

（无法使用OpenMP）仅适用于 RcppArmadillo 。可以通过// [[Rcpp::plugins(openmp)]]在macOS上使用 Rcpp 使用OpenMP。但是，你需要警惕现存的龙，因为 R 是单线程的。

您可以通过修改 RcppArmadillo inline.R的本地安装来手动重新获得OpenMP（在RcppArmadillo中）以包含-fopenmp并删除{{3} } #define ARMA_DONT_USE_OPENMP 1

因此，您在Travis构建中遇到的问题是inst/include/RcppArmadilloConfigGenerated.h（来自CRAN）的二进制构建在macOS构建上永久禁用了OpenMP。

为 R 包编写自己的配置脚本将不会覆盖已安装的{{3}中包含的RcppArmadilloConfigGenerated.h文件包。该文件随后由RcppArmadillo.h调用。唯一可以更改的方法是修改上游RcppArmadillo，而后者依赖于Base R 提供相应的OpenMP检测挂钩。

RcppArmadillo：使用autoconf禁用OpenMP

1。 configure.ac

2。 Makevars

3。清理

4。 pkgConfigGenerated.h

5。 pkgConfig.h

工作解决方案

2 个答案: