Question

我试图检索SNP位置的信息。我试图按照本网站的回答说明，但命令不再起作用了：

library(biomaRt) # biomaRt_2.30.0

snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp")

snp_ids = c("rs16828074", "rs17232800")
snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start")

snp_locations = getBM(attributes=snp_attributes, filters="snp_filter", 
                      values=snp_ids, mart=snp_mart)

等待很长时间后我收到以下错误：

Error in value[[3L]](cond) : 
  Request to BioMart web service failed. Verify if you are still connected to the internet.  Alternatively the BioMart web service is temporarily down.

自上一版本以来，biomaRt命令发生了什么变化？或者我做错了什么？

Answer 1

这更像是一种解决方法，然后是对这个问题的明确答案。但现在Ensembl的版本是90.如果我使用的是先前版本的存档主机（v89，来自http://may2017.archive.ensembl.org），则SNP数据集将再次运行。所以这是我的临时解决方案，而v90不适用于SNP：

library("biomaRt")
snp_mart = useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp", host='may2017.archive.ensembl.org')

snp_ids = c("rs16828074", "rs17232800")

snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start")

snp_locations = getBM(attributes=snp_attributes, filters="snp_filter", 
                       values=snp_ids, mart=snp_mart)

结果应如下所示：

snp_locations
   refsnp_id chr_name chrom_start
1 rs16828074        2   231454043
2 rs17232800       18    68625022

检索biomaRt中的SNP位置，命令挂起

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