Question

我的目录包含多个子目录，所有子目录都包含名为 sample.fas 的文件。在这里，我想在子目录的每个文件 sample.fas 中运行一个python脚本（ script.py ），导出一个名称为每个的输出他们的子目录。

但是，脚本需要用户指示输入的路径/名称，而不是自动创建输出（指定路径/名称所必需的）。像这样：

script.py sample_1.fas output_1a.nex output_1b.fas

我尝试使用这一行，但没有成功：

while find . -name '*.fas'; # find the *fas files
do python script.py $*.fas > /path/output_1a output_1b; # run the script and export the two outputs
done

所以，我想创建一个bash，从所有子目录中读取每个 sample.fas （递归运行脚本），并使用子目录的名称导出输出。

我将不胜感激。

Answer 1

这样做的一个简单方法就是：

for x in $(find . -type f -name *.fas); do 
    /usr/bin/python /my/full/path/to/script.py ${x} > /my/path/$(basename $(dirname ${x}))
done

这是针对当前目录中标识的所有.fas文件（包括子目录）运行脚本，然后将python脚本输出的任何内容重定向到名为类似当前处理的{{1}目录的文件找到文件。此文件在.fas中创建。

这里有一个假设（好吧，一些），那就是包含/my/path/个文件的所有目录都有唯一的名称。此外，路径应该没有任何空格，这可以通过适当的引用来修复。另一个假设是脚本始终输出有效数据（这只是将脚本中的所有输出重定向到该文件）。但是，这应该会让你朝着正确的方向前进。

但我觉得我没有理解你的问题。如果是这种情况，您是否可以改写并提供一个树，显示目录和子目录的结构如何？

此外，如果我的回答对您有所帮助，如果您可以通过单击左侧的复选标记将其标记为已接受的答案，我将不胜感激。

以递归方式运行python脚本，指示输入/输出路径/名称

1 个答案: