Question

我正在使用rmarkdown执行5个主要步骤：阅读，清理，转换，分析和即时。

我的计划是将每个步骤的代码分成一个或两个降价文件（.Rmd）。每个跟随.Rmd将作为外部文件调用到下一个.Rmd（即我想将每个步骤的.Rmd嵌入到下一个步骤中）。

我正在通过替换：

来嵌套.Rmd文件

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

与

knitr::knit("**ABSOLUTE PATH TO PREVIOUS .Rmd FILE**")

当我在 knitr :: knit 行出现错误时，直到我的第3次嵌套，这才有效：

Error in file(file, "rt" ) Cannot open the connection calls: <Anonymous> … withVisible ->eval ->eval -> read.csv ->read.table -> file

注意：每次我引用绝对路径时都会引用任何内容，所以这不应该是问题。

任何人都可以指出正确的嵌套方式.Rmd到彼此？

最后，如果这个工作流程看起来很野蛮，我会欢迎任何有关架构的其他建议！我将嵌套的原因（而不是将所有内容放入大型R笔记本中）是：

我想在.Rmd'pages'中使用单独的标签，我需要滚动浏览更少的代码（并且可能意外搞乱）。
我可以将数据从一个步骤传递到另一个步骤而不会浪费时间将其写入磁盘上的某个位置。（基本上我希望能够评估并使用之前.Rmd的结果）
我可以为流程的每一步制作一个干净的html或pdf页面。

Answer 1

To combine multiple child Rmd files, I use a general Rmd one that call all childs. In that way, you can also decide not to show some of them with eval=FALSE directly in this main file.
More info on https://yihui.name/knitr/demo/child/

The main file would look like any Rmd:

---
title: Modelling distribution of species in the Bay of Biscay
author: "StatnMap - Sébastien Rochette"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output:
  html_document: default
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

<!-- Content -->

```{r reading, child='Reading.Rmd', eval=TRUE}
```

```{r cleaning, child='Cleaning.Rmd', eval=TRUE}
```

```{r analysis, child='Analysis.Rmd', eval=TRUE}
```

嵌套Rmarkdown文件（工作流程问题）

1 个答案: